Следовательно, власть в Первом ополчении со второй половины 1611 г. перешла к двум «боярам» – князю Дмитрию Тимофеевичу Трубецкому и Ивану Мартыновичу Заруцкому. Правительство Первого ополчения продолжало следовать нормам Приговора 30 июня 1611 г. в организации власти (были созданы общие для всех полков Разрядный и Поместный приказы, и Печатный приказ, где прикладывали земскую печать к документам ополчения). Даже собирались «кормы» на казаков, хотя, конечно, навести порядок «по Ляпунову» больше не удалось. Прав Н. П. Долинин, исследовавший историю подмосковных полков в 1611–1612 гг.: «Политика казацкого войска после смерти Ляпунова и сосредоточения власти в руках Заруцкого и Трубецкого не дает повода думать о каком-то крутом повороте в деятельности подмосковного правительства в смысле предоставления центральной власти казачеству, точнее, той его части, которая образовала в подмосковных полках низший слой из беглых холопов, боярских людей и крестьян. Не видно в мероприятиях временного правительства и «воровского казацкого обычая», который приписывал подмосковному ополчению Д. Пожарский, изображая Заруцкого новым Болотниковым» [15, 71–72].
Несмотря на то что князь Дмитрий Тимофеевич Трубецкой тоже получил свое боярство от Лжедмитрия II, этот воевода ополчения стал восприниматься как глава его «дворянской» части. К ноябрю 1611 г. в полках ополчения оказались представители московских дворянских родов Змеевых, Измайловых, Исленьевых, Колтовских, Коробьиных, Одадуровых, Охотиных-Плещеевых, князей Приимковых-Ростовских, Пушкиных, Самариных. У королевского войска, окруженного в столице Московского государства, создалось впечатление, что после гибели Ляпунова, вопреки их ожиданиям, воеводы подмосковных полков только сплотились.
Летом 1611 г. в Первое ополчение продолжали прибывать значительные отряды ратных людей из Казани и Смоленска, что также свидетельствует о том, что ополчение не распалось и не прекратило своей деятельности. Более того, приезд казанского войска во главе с боярином Василием Петровичем Морозовым и принесенный в ополчение список Казанской иконы Богоматери имели важное символическое значение для остававшихся под Москвой людей. Ратная сила, пришедшая из Казани, уже на следующий день вступила в бой и освободила Новодевичий монастырь от стоявших там немецких рот.
Еще 4 июля 1611 г. подмосковные полки смогли решить важную военную задачу, которая ставилась с самого прихода Первого ополчения под Москву. Об этом написал архиепископ Арсений Елассонский:
