От первоначальной мечети Амра также сохранилось немногое. Первая египетская мечеть была чрезвычайно проста — глинобитные стены и крыша из пальмовых листьев. Не было ни двора, ни минарета, ни михраба (молельной ниши) — все эти детали появились в архитектуре мечетей позднее. В 673, 712 и 827 годах мечеть расширяли и перестраивали. В результате последней перестройки, предпринятой почти через два столетия после покорения арабами Египта, мечеть обрела михраб, а также 378 колонн в аркадах (айванах), окружающих главный двор. Частично эти колонны были изъяты из храмов Мемфиса и других древних поселений.
В 1048 году в мечети побывал персидский ученый по имени Назир Хорасу. Он известен тем, что в девять лет выучил наизусть Коран, а к четырнадцати изучил арабский язык, поэзию, астрономию и геометрию. Он писал, что мечеть Амра, освещенную в праздники семью сотнями светильников, ежедневно посещают пять тысяч правоверных. Эта мечеть, по его словам, служила обителью аскетам, путникам, писателям и ученым. Рядом с ней находились многочисленные базары, и в декабре 1048 года Хорасу предлагали купить что угодно — от алых роз, водяных лилий, апельсинов и лимонов, фиников, слив и авокадо до репы, кормовых бобов, свеклы и моркови. Хорасу писал, что в жизни не видывал подобного зрелища.
Современная мечеть Амра — прямая наследница первоначальной мечети и того здания, которое видел Назир Хорасу. Это крупное сооружение, многочисленные аркады окружают главный двор, превращая его в благословенную обитель тишины и красоты. Среди колонн не найти и двух одинаковых, а одну, по преданию, привезли сюда из самой Мекки. Сводчатые аркады выглядят почти невесомо, пол застелен толстыми коврами, под потолком бесшумно вращаются вентиляторы, даруя прохладу тем немногим людям, кто молится, просто сидит или даже спит в мечети. В восточной стене расположен михраб — молельная ниша, украшенная по периметру резьбой и указывающая направление на Мекку. Рядом находится минбар — возвышение, к которому ведут ступени и с которого имам во время пятничной молитвы произносит проповедь (хурба). Во всех мечетях имеются помещения для омовения — ритуала, обязательно предшествующего молитве; в мечети Амра, как и в большинстве других больших мечетей, это затейливый фонтан посреди двора (в малых мечетях, где свободного места почти нет, «омывальное оборудование» выглядит куда скромнее). Говорят, однажды некий паломник извлек из фонтана в мечети Амра сосуд, уроненный в колодец главной мусульманской мечети в Мекке. Флоренс Найтингейл, будучи в Египте в 1850 году, посетила множество каирских мечетей. Сравнивая их с христианскими церквями, она в одном из своих писем домой писала, что «мечеть кажется более религиозной, и здесь молиться, пожалуй, лучше».
