К середине I столетия н. э. египтяне открыто выступали против римского владычества, негодуя на законы, грабительские налоги и насильственные рекрутские наборы. И в эту «унавоженную почву» бросил семена святой Марк, прибывший в Александрию, по коптской легенде, в 45 году, чтобы проповедовать новую веру среди обездоленных и разочарованных. По преданию, когда Марк направлялся из порта в город, у него лопнула завязка сандалии. Иудейский сапожник по имени Анания поранил себя, когда чинил сандалию, но Марк чудесным образом исцелил рану — и тем самым обрел первого последователя из египтян. В 61 году н. э. Марк стал первым патриархом Александрии, фактически — первым коптским папой (хотя современники, возможно, воспринимали его исключительно как главу подозрительной религиозной секты); копты ведут апостолическую традицию именно от Марка, как католики — от святого Петра. Всего год спустя патриарха казнили за то, что он посмел критиковать почитание «комбинированного» греко-египетского божества Сераписа.
Многие десятилетия после смерти Марка новая вера оставалась в подполье, однако к ней все больше и больше примыкали те, кто ненавидел римлян. Последние, ощущая нарастающую угрозу своему положению, укрепляли военное и экономическое присутствие в Египте. При императоре Траяне (98—117) был заново открыт канал из Нила в Красное море, строительство которого завершилось при персидских царях, а началось еще при фараоне Нехо II около 600 года до н. э. Кроме того, римляне возвели в месте, где канал отходил от реки, укрепление, два круглых бастиона которого сохранились до сегодняшнего дня. При этом, несмотря на увеличение товарооборота благодаря каналу, Египет оставался отдаленной провинцией империи, имевшей значение лишь постольку-поскольку (правда, пирамиды, как мы видели, уже превратились в своего рода туристический аттракцион, а в метрополию из Египта в больших объемах поставлялось зерно).
Христианство постепенно укреплялось как в Александрии, так и в Вавилоне. Духовные наследники Марка, распространявшие Божье Слово среди тех, кто все более охотно им внимал, обнаружили, что новая вера пользуется популярностью у местного населения, уже знакомого с идеями воскрешения, загробной жизни и божественного суда. Все эти представления присутствовали в языческой теологии Древнего Египта. Но прежде крестьянам-феллахам внушали, что рай доступен лишь богатым, способным оплатить услуги бальзамировщиков, жрецов и строителей гробниц, а также — снабдить себя всем необходимым для жизни за гробом. Теперь же, как утверждали проповедники христианства, вечная жизнь стала доступной всем, а не только обладающим достатком и могуществом.
