Одним из учеников Больштедта был итальянец Фома Аквинский (1225–1274). Фома Аквинский известен тем, что он пытался, и небезуспешно, поставить философию Аристотеля на службу христианской религии. Как рационалист, он считал, что разум, как и вся Вселенная, является созданием бога, следовательно, ни один здравомыслящий человек не может прийти к выводам, противоречащим христианскому учению. Значит, разумное мышление не является ни злом, ни вредом.
Так подготавливалась почва для возрождения рационализма.
К практике вскрытия трупов в Италии вернулись в конце средних веков. Хотя она продолжала пользоваться дурной славой, к ней вынуждены были прибегать, в частности в Болонье, где находилась довольно известная юридическая школа и для разрешения судебных дел нередко требовалась посмертная экспертиза тела. Под этим предлогом ученые старались использовать вскрытия и в целях обучения медицине. (Университеты в Болонье и Салерно были в те времена широко известны своими медицинскими факультетами.)
Восстановление права производить вскрытия далеко не сразу привело к новому толчку в развитии биологии. Прежде всего потребовалось наглядно проиллюстрировать труды Галена и Авиценны. Как правило, сам преподаватель, знакомый с материалом только по книгам, считал вскрытие трупа унизительным для себя занятием и предоставлял эту возможность ассистентам. Он читал лекции, не заботясь, соответствует ли их содержание тому, что студенты видят собственными глазами. В итоге лекции изобиловали грубейшими ошибками. Например, особенности строения животных, которые в свое время наблюдал Гален и распространял (ошибочно) на человека, по словам преподавателей, «наблюдались» многократно, хотя на самом деле у человека их нет и в помине.
Исключение из этой печальной, но весьма характерной для того времени картины составлял итальянский анатом Мондино де Люцци (1275–1326), который собственноручно производил вскрытия (на медицинском факультете университета в Болонье). В 1316 г. де Люцци выпустил книгу, впервые в истории медицины полностью посвященную анатомии. Эта книга принесла ему славу ученого, возродившего анатомию. Следует, однако, отметить, что он не смог полностью избежать ошибок прошлого: некоторые приводимые им описания в большей степени основаны на свидетельствах авторов старых книг, нежели на том, чтó он видел в действительности. После смерти Мондино де Люцци практика вскрытия трупов ассистентами была восстановлена.
