Ця організаційна структура залишилася в основному незмінною аж до 1947 р. Після втечі німецьких окупантів і з поновною окупацією України російськими агресорами, ОУН і УПА з усіми спеціяльними відділами, зокрема СБ, УЧХ та іншими, творили один суцільний моноліт, в якому різниці були оперативно-функціонального характеру [57]. В травні 1944 р. переформовано Буковинську Українську Самооборонну Армію (БУСА) в частину УПА-Захід. Влітку 1944 р. розв'язано команду УПА-Південь, а її військові відділи включилися до УПА-Північ, до УПА-Захід або у підпільні збройні відділи ОУН на ОСУЗ. В липні 1944 р. створено з ініціятиви та за апробатою ОУН та формально також — УПА — нову інституцію — Українську Головну Визвольну Раду, до якої приступили визначні українці, які не були членами ОУН. Степан Бандера визначив ролю ОУН у постанні УГВР в слідуючий спосіб: "ОУН творить хребет визвольної боротьби, як провідна політична сила, яка створила УПА і УГВР, і яка провідною залишилася до сьогодні" [58]. УГВР виконувала функцію підпільного революційного державного уряду, її створення можна порівняти до створення Українського Державного Правління в липні 1941 р.
В обох випадках ОУН була рушієм-промотором, але не мала претенсій до абсолютної влади в цих формаціях [59]. Таку саму настанову ОУН мала і щодо УПА: довести до оптимального розширення влади народу на різні групи суспільства, з якими ОУН могла знайти спільну мову щодо найвищого принципу — встановлення Української Самостійної Соборної Держави. Ні УГВР, ні УДП, ні УПА не були ніколи трактовані Проводом ОУН як підрядні слухняні сателіти й виконавці [60]. Всім нечленам ОУН у цих формаціях ОУН завжди Гарантувала повну волю вибору своєї особистої ідейно-програмової орієнтації щодо майбутнього ладу в УССД і її майбутньої державної політики [61]. Коли в Україну дійшла вістка, що німці таки випустили з концтабору Степана Бандеру, Ярослава Стецька й інших націоналістів, то Роман Шухевич, як голова Бюра Проводу ОУН, скликав в Україні, в лютому 1945 р., конференцію ОУН (бо не було змоги скликати Великий Збір). На цій конференції він запропонував, а конференція прийняла, здійснити зміни в Бюрі Проводу, а саме: на голову вибрано Степана Бандеру, другим членом — Ярослава Стецька, тобто Голову УДП, третім — його, генерала Романа Шухевича. Тим кроком Степан Бандера став через Романа Шухевича політичним провідником Української Повстанської Армії.
Після закінчення Другої світової війни в Европі Провід ОУН видав деклярацію, в якій дуже тверезо підійшов до питання дальшої української визвольної боротьби. З одного боку, ОУН відкинула капітулянтську позицію мельниківців і різних залишків давнішніх партій, а з другого боку, ОУН відкинула орієнтацію на швидке визволення. В деклярації читаємо:
