Орден возглавлял Великий Магистр, который командовал войском, для ведения орденских дел был наделён неограниченной властью, лишь только в некоторых случаях подчиняясь Совету общего собрания-капитула братьев-рыцарей. Вторым в иерархии был капеллан — орденский канцлер и хранитель печати. Высокое положение занимали казначей и драпир, ведавший орденским вооружением и снаряжением. Управлением и судом в завоёванных землях Эстонии и Латвии ведали провинциальные орденские магистры-командоры, фогты и попечители-начальники замков. Все рыцари, жившие в одном орденском замке, составляли конвент во главе с попечителем. Частные и генеральные собрания братьев конвента назывались капитулами.
Ленными властителями ордена меченосцев были епископы, дававшие ордену земли во владение на праве епископского вассала. Епископ принимал присягу в верности и послушании орденского магистра, как ленном, так и каноническом. Орден подлежал епископскому суду и находился в его духовной и светской юрисдикции. На эстонских и латвийских землях было создано орденское рыцарское государство — Ливония — сразу же ставшее угрожать Новгороду.
Известный русский историк В.Т.Пашуто так писал о натиске крестоносцев на Прибалтику:
«Положение Эстонии (в 1223 году — А. А.) заметно ухудшилось и тогда от имени её нобилей на Русь были отправлены в качестве послов старейшины эстонской земли Саккалы «с деньгами и многими дарами», чтобы «попытаться, не удасться ли призвать королей русских на помощь против тевтонов и всех латинян». Миссия удалась. Князь Юрий Всеволодович отправил осенью 1223 года в Прибалтику двадцатитысячное суздальско-новгородско-псковское войско во главе с Ярославом Всеволодовичем. Эсты в Тарту встретили русских как освободителей, поднесли князю «большие дары», передали ему пленных рыцарей и захваченное оружие. В Тарту и Отепяа были поставлены гарнизоны.
Это войско дошло до датского Ревеля, но не смогло его взять. Борьба с крестоносцами требовала больших сил. В следующем году Юрьев-Дерпт-Тарту был взят крестоносцами. Эстонско-русский гарнизон пал в геройской обороне. Это был тяжёлый удар по эстонско-русским силам. Международные документы не оставляют сомнений в усиленном нажиме держав-агрессоров на Русь. Политика шантажа и раскола оказывала влияние и на боярских правителей Новгорода и Пскова, готовых ставить свои торговые интересы и пошатнувшиеся сборы прибалтийских даней выше общерусских политических целей.
