На тот момент самым старшим "по званию" в государстве был патриарх — как политрук, который после смерти командира берет на себя командование. Патриарх на правах старшого пошел к Годунову просить, чтобы тот сел на царство. Годунов отказался. Причем отказывался он не раз и не два. Патриарху пришлось несколько раз проводить с ним беседы с глазу на глаз, постепенно продвигая к этой мысли.
В конце концов решение о царе отложили до Земского собора, который должен был состояться 17 февраля 1598 года. На открытии съезда патриарх толкнул проникновенную речь, суть которой сводилась к тому, что "…нам, мимо Бориса Федоровича, иного государя" и искать не надо. Земский собор поддержал патриарха.
20 февраля патриарх с представительной делегацией из духовенства и народа прибыл в Новодевичий монастырь, где вместе со своей сестрой Ириной находился Годунов. Патриарх и вся делегация со слезами били челом, умоляя Годунова занять опустевший престол, но снова получили отказ.
На следующий день к Новодевичьему монастырю уже подтянулась внушительная демонстрация горожан — шли с иконами, хоругвями, женами и младенцами. Был бы на месте Годунова царь Николай Второй, он бы устроил им "Кровавое воскресенье" двумя-тремя залпами из трехлинеек. Но Годунов был мягким человеком. Он согласился стать царем.
Тут ещё уместно вспомнить, что Смутное время, наступившее затем на Руси, называли "семибоярщиной", а вы говорите народ, народ. Простой полуграмотный народ-то, как раз и оказался более компетентным в вопросах выбора руководителя государства, и именно вследствие народной поддержки Годунов и взошёл на царский трон. А отказывался Годунов (как и Иван Грозный в своё время, кстати) вовсе не из скромности, а потому что понимал, что это значит — быть царём и чем для него это может закончиться. И опасался садиться на престол Годунов не зря:
16 октября 1604 года чудесно воскресший царевич Дмитрий с огромной бородавкой на носу (она досталась ему по наследству от Гришки Отрепьева) с небольшим отрядом польских интервентов вступил в пределы Московского государства. Города сдавались Спасителю один за другим. Служилый люд перебегал к чудесному царевичу целыми толпами.
Годунов держал страну изо всех сил. Осадивший Новгород-Северский самозванец был отброшен войсками законного государя. Затем войска московского царя под предводительством Федора Мстиславского одержали еще одну победу над Лжедмитрием и оттеснили его к Путивлю. Со своей стороны политрук московский и всея Руси — патриарх Иов — сделал громкое заявление, что сына Ивана Грозного Дмитрия нет в живых, а назвавшийся Дмитрием человек на самом деле беглый расстрига Гришка Отрепьев. Заявление транслировали во всех церквях страны. Но народ уже ничего "не брал" в голову, а "выбирал сердцем", толпами стекаясь в войско самозванца.
