Назначив Александра Александровича Самойло заместителем Главкома, я столкнулся с решительным протестом Вацетиса, у которого, оказывается, тоже были виды на товарища Самойло, но в качестве командующего Шестой армией. Кроме Иоакима Иоакимовича протест выразил также командовавший фронтом Дмитрий Николаевич Надежный. В течение декабря 1918 года Вацетис требовал от командования фронта активных действий по захвату Архангельска. В свою очередь, бывший генерал-лейтенант Надежный и Александр Александрович Самойло, который и командовал Шестой армией до вызова в Бугульму 16 декабря, уже начали прорабатывать план наступательной операции по захвату Шенкурска и ликвидации так называемого Шенкурского выступа, использовавшегося интервентами для наступления через Котлас и Вятку навстречу колчаковцам. У противника плохо получалось наступать, но это не являлось поводом для пассивной обороны на севере. По этой причине Главком и Комфронта протестовали против смены командующего до окончания разработанной операции. Я согласился с Иоакимом Иоакимовичем и не смог отказать Надежному. Дмитрий Николаевич в 1940 году еще станет генерал-лейтенантом Красной армии. Таким образом Самойло продолжил работу на посту командующего Шестой армией. Александр Александрович прекрасно справился с планированием предстоящей операции. Командование Северным фронтом и Главком сумели выделить достаточно большие силы для проведения наступления. Для подкрепления Шестой армии выделены два полка из резерва Северного фронта, Уральский морской батальон, батальон лыжников. Кроме того, в распоряжение Самойло прибыли: две бригады Седьмой армии, один полк железнодорожной охраны, один полк ВЧК, Пятый полк Первой дивизии. В резерве сосредотачивались полки Четвертой Петроградской дивизии и Либавский латышский полк. Предстоящая операция, в случае успеха, давала возможность нанести серьезное поражение белогвардейцам и войскам интервентов на севере, и создать опасность Архангельску.
Город Шенкурск расположен между двумя важными оперативными направлениями — на Москву и Котлас. Владея городом, интервенты угрожают флангам наших позиций и имеют возможность развивать наступление на обоих направлениях. Шенкурск сильно укреплен и служит основой для действий противника на одноименном выступе. Кроме того, захват города не только позволял ликвидировать выступ, но и давал возможность выйти через устье Ваги на Двину, а по ней спуститься вниз к Архангельску в обход сильно укрепленных позиций интервентов на железной дороге Архангельск-Вологда. В расчет также приняли разницу во времени между освобождением Двины ото льда в ее верховьях и низовьях. Это позволяло рассчитывать с наступлением весны на содействие нашей военной флотилии на Двине и бездействие более сильной флотилии противника. Подготовка к операции велась полным ходом.
