В 1806 году, после Йенской катастрофы, военная академия также распалась. Но та полуакадемия, которую застал Шарнгорст в 1801 году, сразу зажила подлинной научной жизнью. Программа резко изменилась. В 1803 году в ней читались лекции по стратегии — Пфулем и самим Шарнгорстом. Изучение военной истории и работа слушателей над решением конкретных тактических задач, прикладной метод, ныне признанный повсюду, были выдвинуты на первый план. И Шарнгорст мог быть доволен результатом подготовки своего выпуска: из двух десятков его учеников девять человек попали по конкурсу в генеральный штаб, а пять других заняли более или менее ответственные посты в армии. Первым в этом выпуске, на который Шарнгорст не пожалел своих трудов, стоял Клаузевиц. Единомышленники, друзья и наследники подрастали…
Однако в 1806 году, когда Шарнгорст был призван на должность начальника штаба главнокомандующего, авторитет его стоял еще не высоко, и много сделать ему не удалось. Раненый в сражении под Ауэрштедтом, он продолжал работать в качестве начальника штаба Блюхера, командовавшего арьергардом гибнувшей прусской армии. Взятый в плен вместе с остатками арьергарда, Шарнгорст был выменен пруссаками на пленного французского полковника. Во время этих боев репутация его настолько поднялась, что прусские генералы чуть не дрались, чтобы получить Шарнгорста в начальники штаба. Блюхер категорически заявил: «без Шарнгорста я ни к чему не способен».
После заключения Тильзитского мира Шарнгорст был поставлен во главе комиссии военной реформы и фактически стал прусским военным министром. Он вел борьбу с феодальными пережитками в армии, установил короткие сроки военной службы, скрыто подготовил запас военнообученных, провел в 1813 году всеобщую воинскую повинность, организовал ландвер и создал армию, близкую к буржуазному идеалу «вооруженного народа». Но ему не удалось закончить начатую им работу в области перестройки военной теории, унаследованной от эпохи феодализма и абсолютизма; эту работу блестяще продолжал преданнейший его ученик — Клаузевиц, который считал себя наследником и завершителем теоретической части жизненного творчества Шарнгорста.
Предки Клаузевицей (Клаусвицей) происходили будто бы из Польши. Они переселились в Пруссию в XVII веке, принадлежали к буржуазной интеллигенции и поставляли Пруссии в значительном числе пасторов, а также преподавателей богословия и чиновников невысокого ранга.
