В то же время командование военной линией направляет экспедицию в верховья реки Бии с целью изучения мест для продолжения строительства острогов от Бикатунска до Кузнецка. Возглавлял экспедицию инженер Плаутин. Он первый полностью заснял весь бассейн реки Лебедь, самого крупного правого притока реки Бии.
Каждая экспедиция приносила новые сведения, что позволяло уточнять ранее составленные чертежи, карты и создавать новые более точные.
Однако почти всем экспедициям приходилось иметь дело с вооруженными отрядами джунгар, которые всячески препятствовали в продвижении и изучении местности.
В 1742 году к Телецкому озеру был послан поручик геодезии Шишков с целью составить географическое описание, но был остановлен еще в предгорьях зайсаном. Поручику в категорической форме было предложено вернуться, в противном случае против него будет применена сила.
До 1755 года здесь на юге Алтая соседом России было государство Джунгария. Государство огромное, сильное, с мощью которого русское правительство вынуждено было считаться.
Распространяя свою власть, люди Джунгарии с целью сбора ясака заходили далеко в Сибирь, не встречая особого сопротивления. Конные отряды свободно передвигались, подымая столбы пыли, по предгорной и равнинной части Алтая.
Сравнительно небольшие гарнизоны крепостей, летучие отряды не могли противостоять этим хорошо вооруженным, разбиравшимся в местности и прекрасно организованным воинам.
Учитывая это, русское правительство не принимало действенных мер, опасаясь серьезных столкновений.
Однако междоусобицы, раздиравшие эту страну, постепенно расшатывали ее устои и ослабляли ее мощь.
Это послужило причиной падения ханства в результате тяжелой войны с Китаем.
В 1756 году алтайские племена обратились к пограничному начальству с просьбой защитить, принять в подданство и пропустить их в глубь империи.
Просьба была удовлетворена, и в Бийской крепости был подписан один из актов о добровольном вхождении алтайцев в состав России. После свершения этого выдающегося события южная граница Российской империи определилась примерно там, где она ныне и проходит.
Опасаясь осложнений на границе с Китаем, в результате принятия в подданство алтайских племен и охраны Колывано-воскресенских заводов, генерал-губернатор Сибири, тайный советник Саймонов поставил перед сенатом вопрос о строительстве военной линии от Усть-Каменогорской крепости до Телецкого озера.
Сенат дал согласие, и в 1760 году в горный Алтай были посланы две военные экспедиции. Одну их этих экспедиций возглавляли майор Эйден и инженер-капитан Плутов. Эта экспедиция осталась бы без внимания, и о ней можно было бы и не говорить, так как она не выполнила поставленной задачи по причине плохого знания местности и отсутствия хороших проводников. Однако, находясь на Телецком озере, Эйдену удалось впервые провести промеры озера и определить его глубину в 288 метров, что само по себе является открытием, и именно его работа положила начало изучению гидрологического режима озера.