Значительное место в промысле занимает соболь и белка. До организации заповедника считалось, что соболь здесь полностью уничтожен, но уцелевшие несколько зверьков, в труднодоступных местах, размножились и со временем заселили все подходящие места бассейна озера.
К концу прошлого века соболя на Алтае добывали довольно много. В 1896 году в Горном Алтае было добыто свыше четырех тысяч штук. Но интенсивная охота на него привела практически к его полному уничтожению.
Кроме естественного восстановления, была проведена огромная работа по акклиматизации на Алтае дорогого баргузинского соболя. В 1940-41 годах была выпущена первая партия этого зверька, что дало положительные результаты.
Норка американская - сравнительно молодой зверек на Алтае. Она была выпущена в 1937 году в среднем течении реки Сара-Кокша (левый приток реки Бии), акклиматизировалась и давно уже стала обычным объектом охоты.
В небольшом количестве в Камгинском заливе, в дельте речек Камга и Большой Мионок обитает ондатра. Это - пришлый зверек. Ондатры на Алтае вообще не было. В 1937 году первая партия ондатр была выпущена на территории края, в том числе и на реке Лебедь, откуда проникла на Телецкое озеро и небольшой группой поселилась в Камгинском заливе.
В урожайные годы кедрового ореха появляется масса белок, которые довольно плотно заселяют весь бассейн озера, исключая только массивы тундры.
При организации охотничьего туризма эти животные могут быть постоянными объектами охоты.
Высоко в горах встречаются колонии сурков, которые пронзительным свистом выдают место своего обитания.
И, наконец, бурундук. Эти красивые, желтого цвета, с черными полосками по спине, зверьки многочисленны по всей таежной части бассейна озера. Человека не боятся, шныряют буквально везде, украшая и оживляя суровую горную тайгу.
Парнокопытные представлены восемью видами. Это — лось, марал, северный олень, сибирская косуля, сибирский горный козел, горный баран, кабарга и кабан.
Особый интерес представляет марал, кабарга и кабан. Марал - это крупный красивый олень, разновидность благородного оленя. По росту и весу, среди оленей, уступает только лосю.
Марал является носителем пантов - ценнейшего лекарственного сырья. Каждую весну маралы, как и все олени, сбрасывают старые рога, и почти сразу начинается рост молодых. Поначалу это наполненные кровью и покрытые бархатистой кожей хрящевидные образования, которые называют пантами. Панты используются в медицине, для изготовления тонизирующих препаратов.