Весной 1862 года в столице произошло несколько серьезных пожаров. Реакционная пресса обвиняла в них «нигилистов» (тон прокламации «Молодой России» не исключал, что ее авторы могут прибегнуть к поджогам). Радикалы возражали, заявив, что это работа провокаторов правых, и утверждали, что в некоторых провинциальных городах помещики сами поджигали дома, чтобы не допустить освобождения крестьян. Так это было или нет (деревянные дома не обеспечивались необходимой защитой от пожаров), но началась активная кампания против революционеров; известные или предполагаемые зачинщики были взяты под усиленный надзор. Власти закрыли публичные читальные залы, несколько школ и петербургский шахматный клуб, все те места, которые предположительно были отравлены духом нигилизма и являлись местом встреч радикальной интеллигенции. «Современник» на восемь месяцев был запрещен. Чернышевский, давно находившийся под надзором Третьего отделения, был, естественно, арестован. Пока шло «расследование», он провел два года в Петропавловской крепости. С юридической точки зрения ему не могли быть предъявлены никакие обвинения в подрывной деятельности. Наконец, с помощью сфабрикованных доказательств, в 1864 году был оглашен приговор: Чернышевский приговаривался к семи годам каторжных работ. В действительности же только в 1883 году Чернышевскому, сильно подорвавшему здоровье на каторге, было позволено вернуться в Европейскую Россию.
Перед отправкой в ссылку Чернышевского подвергли «гражданской казни». Эта варварская процедура проходила в присутствии публики. Осужденный с табличкой «государственный преступник» на груди всходил на эшафот. Его привязывали к позорному столбу и зачитывали приговор, после чего преступник вставал на колени и над его головой ломали шпагу. Затем, закованного в кандалы, его возвращали в тюрьму. По-разному описывается реакция зрителей на «казнь» Чернышевского. Большинство очевидцев подтверждали, что некоторые представители интеллигенции аплодировали Чернышевскому во время этого ужасного испытания. Но есть одно свидетельство, что группа рабочих освистала заключенного. Для масс Александр все еще был царем-освободителем.
История мученичества Чернышевского объясняет чувство некоторой неполноценности, которое русские либералы всегда ощущали в отношениях с многочисленными радикально настроенными соотечественниками. Перед лицом многочисленных жертв и страданий казалось недостойным осуждать революционера за безрассудность или останавливаться на художественных недостатках его литературного творчества. Этот кроткий человек одержал победу не только над режимом, который ненавидел всеми фибрами своей души, но и над умеренными, которые осуждали его убеждения. Чернышевский, его соратники и последователи, по-видимому, заставили власти действовать теми же варварскими методами, которые свели к минимуму значимость основных социально-политических реформ времен правления Александра, и тем самым препятствовали просвещению и конституционализму, сулившим спасение России.
