Под Думой, как высшим правительственным местом, стояли приказы, ведавшие отдельные отрасли государственного управления.
По известиям XVI века, дела по этому управлению распределялись между 4 главными приказами, или четями. Эти приказы были: Посольский, Разрядный, Поместный и Казанский… Вообще трудно составить себе не только по иностранным, но и по отечественным известиям ясное понятие об устройстве и ходе управления посредством приказов именно по тому, что ведомства не были точно разграничены и определены по известным началам; чем далее, тем более будут эти приказы размножаться и обособляться вследствие усложнения правительственного дела и вместе с тем вследствие того же более и более будет оказываться несостоятельность служилых людей в деле управления, более и более будет чувствоваться нужда в людях иного рода, которые умели бы владеть не мечом, а пером, и с начала XVI века одновременно с известиями о приказах встречаем известия об усиления значения дьяков. Они имели важное значение в Думе государя, они заправляли ходом дел в приказах, они же отправлялись вместе с наместниками по областям и заведовали там всеми государственными делами, были представителями государственного начала в областях, потому что наместники, служилые люди, оказались теперь непригодны и непривычны к правительственному делу при его новом значении, при новых чисто государственных потребностях, и этим наместникам предоставили ведать только свои частные интересы кормления.
Для управления областями назначались царем известные лица, по одному или по два в каждую область, которые должны были во всех делах обращаться к управляющему той чети, в которой числилась известная область. Наместник отправлялся в назначенную ему область с одним или двумя дьяками, которые заведовали всеми приказными делами по управлении областью. Областные правители и дьяки назначались по царскому указу, и через год обыкновенно сменялись».
Служебные отношения внутри правящей элиты Московского государства регулировал местнический порядок военной и административной службы. Термин «местничество» произошел от древнего обычая «считаться местами» как во время великокняжеских пиров, так и на государевой службе. «Место» при московском правителе, занимаемое князем или боярином, зависело от его происхождения, родословной и должностей его предков и его самого при великокняжеском дворе. Сама Боярская дума состояла из думных бояр и думных окольничих, людей, находящихся около царя, приближенных к царю.
