На взгляд экспертов, Юрий Чайка, которого Скуратов, будучи генпрокурором, пригласил на работу в Москву, со временем оказался в другой команде. «Когда Скуратов приступил к громким разоблачениям, касавшимся ельцинского окружения, его вынудили уйти, а Чайка выбрал «правильную» сторону, и на его поведение обратили внимание, — полагает один из бывших сотрудников госбезопасности. — Впоследствии, будучи министром юстиции, Чайка доказал свою исполнительность и деле «ЮКОСа». Обеспечение конфискации имущества компании, его четкой реализации, прохождения денег и вообще оперативная работа судебных приставов тоже не осталась без одобрительного взгляда из Кремля».
А дальше у Скуратова началось разочарование в первом заме:
Я стал замечать, что он старается не подписывать никаких бумаг, где требовалось принятие решения. Даже документы, подписывать которые было его прямой обязанностью, старался подсунуть мне на подпись. Во-вторых, он провалил первое же мое поручение. Я уехал и отпуск и просил его выступить перед Советом Федерации с представлением о возбуждении уголовного дела в отношении председателя питерского заксобрания Кравцова. Но Чайка не пошел к сенаторам, послал начальника отдела. Сенаторы обиделись и прокатили нашу просьбу. Потом всплыла другая история. Пока я был в отъезде, Чайка — он курировал финансово-хозяйственные вопросы — вместе с управделами Генпрокуратуры Хапсироковым купили жилье моему заму Розанову за огромную цену, заплатив бюджетные деньги. В общем, это был вопиющий случай решения жилищного вопроса. Я решил избавиться от Чайки. Предложил его на должность министра юстиции. Поговорил и с самим Юрием Яковлевичем. Он был категорически против. Его эта должность тогда не устраивала никоим образом.
Но чуть позже, уже после истории со Скуратовым, кресло министра юстиции пришлось для него как нельзя более кстати. На этом посту он проявил себя послушным исполнителем.
На Большой Дмитровке Чайка запомнился тем, что в 1996 году курировал знаменитое «дело о коробке из-под ксерокса», в которой во время избирательной кампании из Дома правительства было вынесено более $500 тыс. Чайка спустил это дело на тормозах. Кроме того, ему приписывают и активную роль в «заминании» скандала с нецелевым использованием кредитов Международного валютного фонда. И впоследствии ничто не сбило Чайку с намеченного курса, проложенного ему Владимиром Путиным в 1999 году. Именно такая позиция — стремление не лезть в политику, не участвовать в «дворцовых интригах», не слишком светиться на экранах и в прессе, возможно, — сыграла решающую роль в выборе кандидатуры Юрия Чайки на должность генпрокурора.
