Скуратов за это время успел даже поработать в ЦК КПСС, а оттуда, после распада СССР, начал прыгать вверх по карьерной лестнице. Чайка упорно продвигался вверх в рамках Иркутской области. В 92-м он уже был прокурором этой области. И вот в 95-м году их пути снова пересекаются.
Скуратов в октябре был назначен Генеральным прокурором Российской Федерации. Буквально пару недель спустя он забирает Чайку в Москву и назначает его своим заместителем. В этот день он дает интервью газете «Коммерсант», цитирую: «Юрий Яковлевич Чайка — человек, которого я достаточно давно знаю по институту. Потом судьба нас развела, и когда я попал в институт прокуратуры и затем уже в аппарат, я обратил на него внимание как на человека очень энергичного, требовательного и жесткого в борьбе с преступностью».
Бывший генпрокурор в интервью вспоминал: «Через два дня после утверждения его СФ я получаю очень аргументированное, подробное письмо, где собраны все грехи Чайки. Правда, анонимное. Начали разбираться: написал письмо прокурор из аппарата прокуратуры Иркутской области. Там было и о злоупотреблениях Чайки, и о стиле его руководства (окружил себя подхалимами), и много всего. Что я должен был делать? Идти в СФ и просить все отыграть обратно? Я предпочел поверить Чайке…»
Отменить собственный указ Скуратов так и не решился, а когда пикантные факты из биографии Чайки начали всплывать, у него уже появились влиятельные защитники.
У Скуратова не сложилось с властью. С одной стороны, он хорошо показал себя в нелегкой борьбе за власть в 96-м году. Но потом, когда у него закрутилось расследование «кремлевских дел» совместно со швейцарской прокуратурой, он стал неудобен.
После разразившегося в начале 1999-го скандала, связанного с делом «Мабетекса» и пресловутым видеокомпроматом, Чайка, как считает Юрий Скуратов, предал друга и покровителя и на посту и.о. генпрокурора вместе с тогдашним главой ФСБ Путиным активно работал над решением «проблемы Скуратова». С августа 1999 года Чайка — министр юстиции.
В результате Скуратова убрали с дороги — жестко и изощренно. Создали историю с секс-компроматом, сфабриковали парочку дел «в отношении костюмов» и квартиры. Администрация Президента хотела убрать Скуратова с политического поля и поставить на его место нового человека. И все это время за спиной у Скуратова стоял его верный, как казалось Юрию Ильичу, заместитель Чайка.
Замену Скуратову произвели механически — на его место пришел заместитель Юрий Чайка. Так Юрий Яковлевич впервые сел в кресло Генпрокурора России. Но просидел в нем немного — всего четыре месяца. Назначить генеральным прокурором его не успели. В начале 99-го года разразился скандал с машиной его сына. 29 июля Юрий Чайка уходит из Генпрокуратуры, а 9 августа — на пенсию. Имеет право — он отслужил в прокуратуре 20 положенных лет. Интересно, что на пенсии он находился всего восемь дней. 17 августа 99-го он получает пост министра юстиции в правительстве Владимира Путина. В то время как исполняющим обязанности Генпрокурора России становится Владимир Устинов.
