В этот период вместе с Сергеем Васильевым при покровительстве лауреата Нобелевской премии Василия Леонтьева создал международный центр социально-экономических исследований «Леонтьевский центр», в который вошли несколько научных учреждений и исследовательских коллективов Петербурга. Чубайс становится его первым президентом. При формировании «правительства реформ» в ноябре 1991 года Чубайс был назначен председателем Государственного комитета Российской Федерации по управлению государственным имуществом — министром России.
Нa зтом посту руководил разработкой Государственной программы приватизации и других нормативных актов но приватизации предприятий, осуществлял подготовку и внедрение системы именных приватизационных чеков (ваучеров), курировал деятельность подчиненных ему местных комитетов по управлению имуществом, являясь одним из важнейших министров экономического блока в правительстве.
2 июня 1992 года Чубайс Указом Президента России Ельцина назначен заместителем председателя Правительства России. За 1992 год ведомством Чубайса была разработана программа приватизации и осуществлена её техническая подготовка. Население страны получило приватизационные чеки («ваучеры» — сам Чубайс последнего термина не употребляет и утверждает, что его придумали журналисты).
Увлекается водным туризмом. Женат вторым браком (жена Мария Вишневская — экономист). Имеет сына и ночь от первого брака. Старший брат Анатолия, Игорь Чубайс, был в 1987–1990 годах одним из самых заметных московских деятелей. Игорь Чубайс всегда был радикалом (исключен из КПСС «за деятельность, направленную на раскол партии»). Он стал «отцом-основателем» Демократической платформы в КПСС.
Анатолий Чубайс выступал противником коллективной собственности и безвозмездной передачи трудовым коллективам контрольного пакета акций предприятий в процессе их приватизации. Основными методами приватизации госсобственности, по программе Чубайса, стали акционирование предприятий, аукционные продажи их за ваучеры и, в меньшей степени, за деньги при предоставлении существенных льгот работникам предприятий.
Действовавшая программа приватизации резко критиковалась Верховным Советом (ВС) России, разрабатывавшим альтернативные варианты. ВС неоднократно пытался изменить программу Чубайса, признавал деятельность Госкомимущества неудовлетворительной. Она во многих случаях вызывала неодобрение не только оппозиции, но и некоторых министров. Периодически распространялись слухи о скорой отставке Чубайса, однако каждый раз они оказывались ложными. В большинстве конфликтов он получал поддержку президента Ельцина.
