В июне 1960 г. при содействии французского посольства в Риме и лично кардинала Беа Исаак встретился с понтификом, которого пытался убедить в необходимости пересмотра "учения о презрении", передав ему соответствующий меморандум - "О необходимости реформы христианского учения относительно Израиля". Эта встреча была важным жестом Иоанна XXIII по отношению к Ассоциации иудео-христианской дружбы, и недаром за несколько месяцев до нее папа приказал упразднить выражения "Помолимся также о вероломных иудеях (pro perfidies Judaeis)" и "Всемогущий, вечный Боже, в милости Своей не отвергающий даже вероломство иудеев", произносимые в богослужении Великой пятницы. В одной из своих заметок он писал по этому поводу следующее: "С недавнего времени Нас беспокоит вопрос о pro perfidies Judaeis в богослужении Великой пятницы. Из надежного источника Мы знаем, что наш предшественник, блаженной памяти Пий XII, уже удалял это прилагательное из личной молитвы и удовлетворялся произнесением "Помолимся... и об иудеях". Имея такие же намерения, Мы решили, что в предстоящую святую неделю эти два положения [будут сокращены таким же образом]". Тогда же в Кельне была открыта новая синагога, что должно было символизировать изменение отношения к иудеям.
После встречи Иоанн XXIII дал ясно понять членам курии, что от собора ждут жесткого осуждения "католического антисемитизма", а осенью 1960 г. впервые в истории Ватикана папа принял 130 американских представителей Объединенного еврейского призыва, которые передали ему благодарность за спасенных во времена нацизма евреев. Понтифик приветствовал их словами: "Мы все дети одного Отца небесного... Я - Иосиф, брат ваш".
Для рассмотрения переданных Исааком предложений Беа создал внутри Секретариата по христианскому единству специальную рабочую группу, установившую контакты с иудейским миром и его главными ассоциациями во Франции, Израиле и США - в первую очередь со Всемирным еврейским конгрессом (ВЕК), Американским еврейским комитетом (АЕК) и Антидиффамационной лигой Бнай Брит. Совместно они и разрабатывали основные положения об отношении к иудаизму. Важную роль в этом сыграл раввин Абрахам-Джошуа Хешель, хасидский мыслитель, глава Иудейского теологического семинара Нью-Йорка, присутствовавший затем на соборе в качестве официального представителя АЕК при кардинале Беа. Большое влияние на папу оказывал и глава ВЕК д-р Гольдманн.
В результате работы был подготовлен краткий проект декрета De Judoeis (Об иудеях), который должен был быть представлен на соборе. Однако в силу протестов арабских лидеров в период подготовки к собору текст этот временно был отложен в сторону. Госсекретарь Ватикана Чиконьяни, будучи не в курсе истинных планов реформаторов, вообще удалил документ из соборной повестки дня, поскольку при крайне напряженных отношениях, существовавших тогда между Израилем и арабскими государствами, любая "уступка" евреям рассматривалась как проявление враждебности по отношению к арабам и шаг к признанию Ватиканом государства Израиль. Чиконьяни вообще не понимал, зачем нужен этот текст и на последнем собрании Центральной комиссии Секретариата сказал: "Если мы говорим о евреях, почему тогда не говорить и о мусульманах? ...И евреи, и все остальные, находящиеся вне Церкви, должны знать, если они пожелают обратиться к католической вере, Церковь примет их с великой любовью". Исключения из программы собора данной темы требовали и представители Восточных католических церквей, опасавшихся серьезных последствий для христиан в арабских странах, представлявших там меньшинство населения. В итоге, когда текст об иудеях вновь был представлен к рассмотрению, он уже рассматривался не как самостоятельный документ, а как часть общей декларации о нехристианских религиях.
