Первым документом, ставшим проявлением нового подхода, можно считать энциклику Mater at Magistra ("Мать и Наставница") 1961 г., которая была издана по случаю семидесятилетия энциклики Rerum novarum, положившей начало официальному социальному учению католицизма. В отличие от последней, призывавшей к примирению и сотрудничества между трудом и капиталом, Mater at Magistra исходила из понимания провала идеи патернализма и корпоративизма и признавала существование классовой борьбы. Утверждение крупных финансово-промышленных кланов в экономике западных стран, с одной стороны, и успехи социалистической системы - с другой, заставили папу дистанцироваться от апологетики капитализма и признать "социализацию" и значимость общественных связей, не оспаривая при этом естественное право частной собственности.
Открытость церкви современному миру выразилась и в признании плюрализма общества, в связи с чем между Ватиканом и христианско-демократическими партиями начали складываться новые, нейтральные, отношения, при которых последние уже рассматривались не как выразители интересов церкви в политике, а как органы включения христианских сил в общественные процессы. Признание происшедших перемен проявилось и в благословении концепции прав человека, в провозглашении идеи "мирового авторитета", примером которого являлась ООН, а также в отказе от антикоммунизма и в терпимости в отношении социалистических стран. Последнее сделало возможным установление отношений с Советским Союзом в ноябре 1961 г., что открыло путь к привлечению к экуменической деятельности Русской православной церкви. Важным знаком начала новой Восточной политики церкви стал прием папой дочери Косыгина и ее мужа Аджубея, состоявшийся в марте 1963 г.
Главным же средством осуществления планируемого религиозного обновления должен был стать II Ватиканский собор, о котором Иоанн XXIII объявил в базилике Св. Павла еще в январе 1959 г. и который мыслился им изначально как собор экуменический, призванный приблизить церковь к либеральным требованиям эпохи. Для его подготовки и в целях централизации всех реформистских усилий папа в противовес ортодоксальным Римской курии и Конгрегации по делам веры создал в июне 1960 г. Секретариат по христианскому единству, во главе которого был поставлен лидер прогрессистов кардинал Августина Беа (1881-1968), входивший в ближайший круг советников папы.
Беа стал одной из ключевых фигур процесса подготовки к перестройке в церкви. Будучи членом ордена иезуитов, он руководил в свое время иезуитским Международным исследовательским центром в Риме, а затем возглавлял Папский Григорианский университет. Это был теолог модернистского направления, находившийся под сильным влиянием протестантских идей, но не только их: Беа фигурировал в списке влиятельных масонов, который был составлен агентами контрразведки Ватикана (SD) в ходе расследования, осуществленного по поручению папы Павла VI в 1971 г. Так что не случайно когда в ходе подготовки к собору было выдвинуто предложение, чтобы все его члены перед началом заседания исповедали Никейский Символ веры и принесли присягу против модернизма, Беа протестовал и добился того, что это предложение было отвергнуто.
