Подобно другим городам Белоруссии, получившим магдебургское право, Гродно имело военную организацию с разделением на десятки и сотни, свои боевые знамена и герб. В городе имелось большое количество оружия, а в 1540–1541 гг. даже 12 пушкарей, обслуживавших артиллерию замков.
Оказавшись в глубине территории страны, располагаясь на важных торговых магистралях, Гродно развивалось территориально и экономически. Однако в отличие от порубежных городов оно в течение XV в. и почти всего XVI в. не имело собственно городских укреплений. Лишь у съезда с моста через Неман стояла сторожевая башня-брама. Она хорошо видна на гравюре 1568 г.
В последней четверти XVI в. Гродно превратилось в главную и любимую резиденцию короля Стефана Батория. При нем начинается перестройка Верхнего замка, который утрачивает свои суровые, аскетические черты, лишается ряда старых построек и башен. Исчезли башня-брама, столп XIII в., дворец Витовта.
В Верхнем замке по проекту итальянского архитектора Скотто строится новый двухэтажный в стиле ренессанса дворец Стефана Батория. В плане он напоминает вытянутый в длину и несколько перекошенный прямоугольник, размером 21Х60 м, разделенный на несколько покоев и залов. Симметрия в разбивке помещений отсутствовала. На первом этаже находилась стража, кладовые, канцелярия, сокровищница и архив. Второй этаж дворца занимали королевские покои, богато украшенные шлифованным гипсом, каменной резьбой и изразцами, с тонкими наличниками окон, с полами, выложенными керамическими и мраморными плитками. Здание украшалось фигурным щипцом фронтона. Однако королевский дворец не утратил и своего оборонного значения, что подчеркивалось толстыми внешними стенами и тесной связью его планировки с другими замковыми защитными строениями: башнями, въездными воротами с подъемным мостом и коваными полотнищами створок на 12 фигурных завесах. Тогда же модернизируется и Нижний замок.
Поскольку в замках размещались все главные королевские службы, здесь, в случае военной опасности, находиться горожане не могли. Для этого было просто мало места. Поэтому тогда и возникла необходимость создать в Гродно еще один, третий замок — центр обороны города, рассчитанный на местное ополчение. Этот комплекс деревоземляных укреплений был сооружен на мысу крутого берега Немана, недалеко от сегодняшнего железнодорожного моста, и ограничивался с востока громадным естественным рвом. Во второй половине XVII в. этот деревянный замок был реконструирован и получил бастионные укрепления. Тогда же с севера и востока, над Городничанкой, появилась городская линия укреплений с Виленскими и Лидскими (Смоленскими в русских документах) воротами.
