К северо-западу от колоннады стоят три молельни (D), посвященные Амону, Мут и Хонсу соответственно. Три этих божества составляют фиванскую триаду, и построенные в их честь святилища находятся во многих фиванских храмах. Все члены триады первоначально были независимыми божествами. Самым первым была, вероятно, Мут, чье имя означает просто «мать», в древности ее олицетворял коршун, крылья которого укрывали фараона и являлись символом защиты. Коршун Верхнего Египта вместе с богиней-коброй Нижнего Египта составляют один из титулов царя как правителя Юга и Севера. Бог-баран Амон, видимо, сменил коршуна задолго до постройки храма, когда уже стал главным фиванским богом. Хонсу был богом луны и предстает в образе мальчика с «локоном юности». Жрецы Нового царства в попытке соединить божества свели трех ранее независимых местных фиванских богов в одно семейство, где отцом стал Амон, Мут – матерью, а Хонсу сыном. Три святилища в переднем дворе относятся ко времени царствования Сети II, которое было коротким и оставило мало следов в Египте.
Храм Рамсеса III (К), видимо, был самостоятельным зданием, построенным за пределами входного пилона того периода. Строители Бубастиса, почитая фараона, просто окружили вход и часть внешнего двора стеной переднего двора, тем самым сделав его одной из боковых молелен главного храма. Должно быть, он находился в хорошем состоянии или считался особо священным, так как обычно фараоны не колеблясь, когда было нужно, сносили полуразрушенные здания своих предшественников, чтобы повторно использовать строительный материал в собственных постройках. Храм посвящен фиванской триаде и возведен в ознаменование победы над союзом «народов моря», а также чтобы продемонстрировать благочестие одного из самых распущенных правителей своего времени. Будучи памятником последнего из великих фараонов, храм представляет большой интерес.
В стену переднего двора встроен не только храм Рамсеса III, но и ворота с колоннами или портиком (Е), который также связан с передним двором храма Рамсеса. На стенах этого портика высечены надписи Шешонка I, более известного под именем Сусакима, который «вышел против Иерусалима» в правление царя Ровоама и «взял сокровища дома Господня и сокровища дома царского… Все взял; и все золотые щиты, которые сделал Соломон» (3 Цар. 14: 26). В тексте Шешонка перечисляются его победы в Сирии, а также дается перечень захваченных городов, причем каждый город изображен в виде укрепления, окружающего название места, а голова и плечи связанного пленника олицетворяют захват города. Кроме того, текст позволяет сделать интересное предположение о том, что отношение фараонов к богу изменилось; в данном случае Амон ведет за собой плененные города и дарует их царю, тогда как Тутмос III XVIII династии завоевал Сирию собственно силой и принес награбленную добычу богу в добровольную жертву.
