Хотя храм постоянно перестраивался, новые строения никогда не отклонялись от оси и возводились по линиям старого здания, с каждым разом удлиняя его. Аменхотеп III построил пилон (III пилон) еще западнее и расширил старый храм, окружив стеной двор между своим пилоном и пилонами предшественников. Вполне вероятно, что замысел большого гипостильного зала также принадлежал ему, но, так как он уже вплотную занимался строительством луксорского храма, на карнакский храм у него не оставалось ни людей, ни средств.
В правление фараона-еретика храмам Амона грозило не просто запустение – они могли подвергнуться разрушению. Не сумев полностью ликвидировать культ и храмы ненавистного бога, Эхнатон был вынужден удовольствоваться тем, что сменил собственное имя Аменхотеп на новое – Эхнатон, а также тем, что стер имя Амона со всех надписей, где оно встречалось. Был ли причиной его фанатичного рвения религиозный пыл, или оно являлось политическим бунтом против неуклонно растущей власти жречества Амона, до сих пор неясно. Так или иначе, его результатом оказалось столкновение двух мощных политических сил – фараона и жрецов, после чего порядок в стране сменился хаосом. О том, как народ относился к Эхнатону в последующие периоды, говорит эпитет «нечестивый», которым он охарактеризован в надписи Месса, сделанной в правление Рамсеса II.
Хоремхеб, восстановивший порядок в стране после амарнской эпохи, построил большой гипостильный зал (G), отделка которого относится к более позднему времени. Свою ненависть и презрение к фараону-еретику Хоремхеб выразил тем, что использовал статуи Эхнатона для наполнения своего пилона. Рамсес I, преемник Хоремхеба, чье правление было слишком коротким, чтобы начать крупномасштабное строительство, возвел большой пилон (пилон II) к западу от гипостильного зала, сделав новый вход и увеличив длину храма. Великий строитель Рамсес II почти ничего не сделал в Карнаке, кроме того, что поставил статуи самому себе; но фараоны Бубастиса XXII династии и эфиопские фараоны XXV династии подарили храму большой внешний двор (В) и огромный входной пилон (пилон I). Вероятно, что и двор, и пилон были возведены на участке, где раньше уже стояли древние здания, так как великолепная аллея бараноголовых сфинксов (А), ведущая к пилону, относится ко времени Аменхотепа III XVIII династии, то есть на несколько веков раньше.
Причиной явной неупорядоченности общего плана храмового комплекса стали постоянные перестройки, которым он подвергался в течение нескольких столетий; но если помнить о том, что храм достраивали в длину, то будет легко разобраться в боковых молельнях и второстепенных храмах.
