В настоящее время Большой храм Амона находится в плачевном состоянии, чему виной являются естественные причины. В отчете Пилле, относящемся к 1922 году, говорится: «Каждый год примерно 5 октября вода появляется во дворе храма, затем до конца месяца она постепенно поднимается, пока ее высота в большом гипостильном зале не достигает в среднем 1,35 метра, а иногда и выше. Затем вода спадает и полностью уходит к середине ноября, оставляя на земле и камнях храма толстый слой селитры, которая придает руинам вид огромной соляной копи. Вода просачивается через возделываемые поля из каналов и озер, появлявшихся на востоке от Карнака, на протяжении долгого периода времени после того, как уровень воды в Ниле упал. В древности дно реки было на четыре-пять метров ниже, чем сейчас, но из-за ильных отложений ложе реки постепенно поднялось. В то время храмам не угрожал ни разлив, ни инфильтрация воды из каналов, чей уровень, из-за современной дамбы, поднялся намного выше… Если не сама вода разрушает гранит и песчаник храма, то предательская влага, которая по капиллярам проникает во все здание. Наконец наступает момент, когда испарение становится достаточно сильным, чтобы остановить влагу. Именно тогда случается беда: селитра, кристаллизуясь, расщепляет даже самый твердый гранит. Таким образом, весь Карнак разрушается этой ничем не остановимой болезнью. Из-за кристаллизации селитры святилище священной ладьи почти разъедено, рельефы откалываются большими хлопьями, которые падают каждый год; болезнь пробирается до самого верха, и через несколько лет от барельефов ничего не останется. Подножия великолепных колоссов Тутмоса III, которые украшают южную сторону VII пилона, как будто разъедены язвой; от надписей, испещрявших верхнюю часть пьедестала, теперь остался всего лишь красный песок».
Кроме того, причиной разрушения храма являются особенности строительной техники, применявшейся при его возведении, как указывает Пилле: «Выкопав небольшую яму, они [строители] слегка засыпали ее песком и устанавливали на песочном ложе блоки разного размера, как правило уже использовавшиеся в более древних постройках. Иногда эти блоки скрепляли слоем штукатурки; чаще щели замазывали землей, перемешанной с щебнем, после чего, ни о чем не заботясь, они возводили свои грандиозные пилоны и гигантские гипостили. Таким образом, гипостильный зал почти полностью возведен на фундаменте из небольших блоков размером в царский локоть, состоящем из пяти слоев, не скрепленных строительным раствором. Селитра разъедала песчаник, и он превратился в песок, который постепенно вымывается водой». После катастрофы 1899 года, когда обрушились одиннадцать колонн, Служба древностей использует все современные методы, дабы исправить конструктивные и строительные ошибки, допущенные древними зодчими; но вред, причиняемый в результате естественных причин, непоправим.
