На оси храма находится святилище, в которое можно попасть из второго вестибюля. Это совершенно темная комната, и называлась она Золотым Жилищем. Здесь стояла священная ладья, и в ней было установлено самое священное изображение богини; двери были закрыты и запечатаны, и только по великим праздникам печати торжественно взламывали и открывались двери. Но даже и в этих случаях только верховный жрец и фараон, который по праву положения мог исполнять обязанности верховного жреца в любом храме, имели право входить в святая святых. Скульптуры изображают весь ритуал посещения богини фараоном: он поднимается по ступеням, взламывает печати, раскрывает дверь, глядит на статую богини, приносит жертвы и поклоняется божественной Матери.
Святилище окружает коридор (N), из него открываются семь маленьких комнат, тайные камеры. Они имеют разнообразные названия, например Комната Пламени, Трон Ра, Союз Двух Земель, Комната Рождения и Комната Воскресения. Предназначение этих комнат сейчас объяснить невозможно, смысл названий утерян; возможно, что Комната Пламени – то же самое, что и Дом Пламени, о котором говорится в главе поминания (25-я глава) Книги Мертвых: «Я поместил мое имя в Большом Доме. Я сделал так, что мое имя помнят в Доме Огня в эту ночь счета лет и счисления месяцев».
Лестница, ведущая на крышу храма, украшена изображениями процессий, во время которых богиню с большой торжественностью выносили из храма, чтобы усладить ее взор зрелищем ее великих владений и чтобы «соединить с лучами» бога-солнца. Длинный ряд жрецов во главе с фараоном нес священные предметы, божницу несли восемь дюжих жрецов; через определенные промежутки процессия останавливалась и фараон сжигал благовония перед изваянием богини. Жрицы тоже участвовали в процессии с гирляндами и ветвями; и так как одно из имен богини было Хатор Роз, они также несли гирлянды роз. Процессия поднималась по лестнице на крышу и потом снова спускалась в храм.
Крыша плоская, двухуровневая, так как портик выше, чем основной храм. На нижнем уровне несколько святилищ или молелен, самая большая в юго-западном углу в дальнем конце крыши; она не имеет крыши и украшена двенадцатью хаторическими колоннами. В северо-восточном и северо-западном углах, примыкая к стене портика, стоит по три малых молельни с обеих сторон; они предназначались для поклонения Осирису, и на скульптурных сценах показаны его смерть и воскресение. На стенах запечатлен знаменитый обряд Дендеры, обряд изображен так, что подразумевается его совершение в «землях» Египта, на юге и на севере. В Дендере ритуал проводился как мистерия с куклами; подробно описывается размер и материал каждой фигурки, а также какие действия следовало совершать, начиная со времени, когда мертвое тело Осириса лежало на похоронных дрогах, до того момента, когда бог возвращался к жизни, спасенный Исидой, которая защищает глаза от исходящей от восставшего бога великой славы.
