Хотя прошло немало времени с тех пор, как впервые были расшифрованы мероитские письмена, язык мероитов все же остается в значительной мере загадкой, а значение их слов в большинстве случаев ускользает от понимания. Это является ощутимой преградой для изучения мероитской истории и культуры.
Надписи на мероитском языке были известны с 1819 г., когда Гау опубликовал несколько письменных строк с храма в Дакке. Еще несколько надписей были опубликованы в первой половине XIX столетия, но вызвали лишь незначительный интерес и немногие комментарии, пока Лепсиус не собрал свою первую большую коллекцию в 1843 – 1844 гг. Лепсиус, как и большинство первых исследователей этих текстов, полагал, что они должны быть написаны на нубийском языке, который до сих пор в ходу в одном из регионов долины Нила (от Дайроу в Египте до Деббы, местечка, расположенного чуть ниже по течению Четвертого порога). Позднее Лепсиус сам отказался от своей точки зрения, придя к заключению, что язык этот ближе к бейджа, языку кочевников, распространенному в нагорьях у Красного моря. Его коллеги, однако, продолжали придерживаться мнения, что этот язык был нубийским.
Заслуга первого прочтения текстов принадлежит Гриффиту, ему же удалось к 1909 г. установить фонетическое значение большинства письменных знаков. Тогда-то и стало понятно, что мероитский язык не является ни нубийским, ни бейджа. Просматривались только определенные аналогии с нубийским, хотя лишь немногие слова можно было предположить общими для обоих языков. Гриффит так прокомментировал этот факт: «Аналогии с нубийским языком, как в структуре, так и в вокабуляре, настолько поразительны, что заслуживают упоминания». Но сам язык не был нубийским, и его сущность, а также его соотношения с другими языками Африки по-прежнему остаются загадкой.
Время от времени предпринимались попытки найти родственные языки, и в 1930 г. Зюларц вернулся к мысли, что ответ может быть найден в изучении кушитских языков прибрежного региона Красного моря, то есть языковой группы, к которой принадлежит и бейджа. Его мнение было резко опровергнуто Хитце, который показал, что эти языки отнюдь не родственные. Хитце, однако, не смог выдвинуть никакого позитивного предположения. В 1955 г. Гринберг вынужден был признать, что «язык этот не родственен никакому существующему языку Африки». С тех пор не появилось никаких новых фактов, и, несмотря на все успехи в африканском языковедении, в этом вопросе не было достигнуто никакого прогресса.
