Колебания Дзержинского непосредственным образом отражались и на его руководстве чекистскими органами. После окончания гражданской войны он пытался скорректировать их деятельность с учетом интересов широких крестьянских и рабочих масс. Это выразилось в преследованиях и даже расстрелах агентов Наркомпрода, наиболее преступно пользовавшихся своими большими полномочиями в годы продразверстки, беспощадно карал расхитителей и ротозеев — в общем, активно поправлял госаппарат, немилосердно задавивший массы в период военного коммунизма. Дзержинский постоянно взывал и к своим сотрудникам, требуя быть осторожными и не нарушать конституции.
В конце 1920 — начале 1921 года, на гребне политики военного коммунизма, когда даже самым проницательным головам из большевистского ЦК не был виден тот стремительный обвал уступок массам, который начнется буквально через месяц, ВЧК, по инициативе Дзержинского, предприняла ряд шагов в этом направлении. 24 декабря 1920-го года губчека были извещены о запрете приводить в исполнение высшую меру наказания без санкции ВЧК (за исключением приговоров по делам об открытых вооруженных выступлениях). 30 декабря появился приказ о том, что арестованные члены различных политических партий должны рассматриваться не как наказуемые, а как временно, в интересах революции, изолируемые от общества. 10 января 1921-го года появляется приказ о смягчении условий содержания в тюрьмах для заключенных из рабочих и крестьян. Вслед за этим 13 января ВЧК была сформирована комиссия по изменению карательной и тюремной политики[101].
Внимательное чтение этих документов, где нарочитой грубостью вуалировались намерения довольно радикального изменения основ и направления деятельности ВЧК, выдает прежде всего в самом Дзержинском неоднозначную фигуру в большевистском руководстве. Первый протокол комиссии гласил, что главным принципом должны быть «резко подчеркнутые классовые признаки карательной политики»[102]. В упомянутом приказе от 8 января говорилось: «Внешних фронтов нет. Опасность буржуазного переворота отпала. Острый период гражданской войны закончился, но он оставил тяжелое наследие — переполненные тюрьмы, где сидят главным образом рабочие и крестьяне, а не буржуи»[103]. С получением приказа все органы ЧК должны были «в корне» изменить свою карательную политику по отношению к рабочим и крестьянам. Ни один рабочий и крестьянин не должен числиться за органами ЧК за спекуляцию и уголовные преступления. «Лозунг органов Чека должен быть: «Тюрьмы для буржуазии, товарищеское воздействие для рабочих и крестьян»
