Управление партизанами в восточной и южной частях Брянской области сначала осуществлялось командованием Западного фронта, а начиная с апреля 1943 года командованием Центрального фронта. Штабы обоих этих фронтов большую часть времени находились в Ельце.
Отряды, действовавшие в восточной части области, вокруг Карачева, подчинялись напрямую советской 61-й армии, входившей в состав Брянского фронта. Однако, согласно немецким донесениям, эти отряды не являлись партизанскими, а представляли собой специальные диверсионные подразделения, укомплектованные военнослужащими Красной армии, их операциями руководил разведывательный отдел 61-й армии.
К юго-востоку от этих отрядов, в Михайловском районе, примерно двумя тысячами партизан, организованными в пять отрядов, командовал секретарь местного райкома Панченко. Панченко являлся начальником так называемого Штаба объединенных партизанских отрядов Курской и Орловской областей, который по своей структуре и функциям был аналогичен штабу Емлютина в южных Брянских лесах, хотя помимо руководства обычными действиями партизан он занимался сбором разведывательных сведений для Красной армии. О широком размахе этих действий говорится в одном из немецких донесений, составленном разведывательным подразделением после проведения тщательного расследования; в нем также упоминается о руководстве действиями партизан командованием Западного фронта:
«По всей видимости, штабом Панченко руководит партизанский отдел Брянского фронта.
Штаб Панченко также широко задействован в сборе разведывательных сведений; эта работа проводится под руководством РО (разведывательного отдела) Брянского фронта и, по всей видимости, в контакте с РО Юго-Западного фронта. Проведение разведки в тылу [отрядами Панченко] затрагивает обширную территорию, прилегающую к фронту [немецкой] 2-й танковой армии между Волховом и Понырями, и проникает в глубь занимаемого армией сектора на правом фланге…»
Взаимоотношения командования Брянского фронта с действовавшими на юге области партизанами были более сложными. Можно вспомнить, что действовавшие там отряды, номинально оставаясь самостоятельными, в 1942 году выполняли распоряжения штаба Емлютина. О строгом контроле этого штаба за действиями отдельных партизанских отрядов свидетельствуют два захваченных немцами приказа. Эти документы показывают, что отряды не только получали боевые приказы на выполнение заданий, но также и инструкции о том, как и где устраивать лагеря и вести подготовку бойцов отрядов.
