Порядок подчиненности на уровнях выше бригадного будет рассмотрен в разделе, описывающем управление партизанами извне, поскольку высшие эшелоны командования, хотя и находились в немецком тылу, все же не являлись неотъемлемой частью партизанского движения, а в большей степени представляли собой органы советского контроля.
Вторым по значимости после командира был комиссар, чьей основной функцией являлось политическое воспитание членов отряда. Однако его должность офицера, осуществлявшего политический контроль, не наделяла его правом подвергать сомнению решения командира или отменять его приказы. Тем не менее комиссар часто играл ведущую роль при проведении отрядом операций, поскольку он обычно являлся заместителем командира и принимал на себя командование, если командир погибал, попадал в плен или терял свою должность. Например, командир 2-й Клетнянской бригады Калуга в начале января 1943 года был ранен в бою и эвакуирован самолетом. Когда его самолет был сбит над линией фронта и Калуга попал в плен, комиссар бригады (он же заместитель командира) Лебедев, временно принявший на себя командование бригадой сразу после ранения Калуги, официально стал новым командиром. Вскоре после этого Лебедев погиб в результате попадания мины в партизанский штаб, находившийся в Мамаевском лесу. Командир одной из действовавших на севере бригад, Корчалев, до того как стать командиром бригады, был комиссаром отряда.
Как отмечалось в предыдущем разделе, личные качества и опыт командира и его заместителей часто существенно влияли на развитие партизанского отряда и выполнение им своих задач. В этой связи необходимо более подробно рассмотреть социальные корни и военный опыт партизанского руководства.
Многие руководители появившихся в самом начале партизанских отрядов были офицерами Красной армии. В донесении 2-й танковой армии немцев о положении в тылу говорилось: «[Наши] осведомители подтверждают, что руководство [отрядами] находится в руках офицеров (по большей части старших штабных офицеров) и комиссаров…»
Многие руководители партизан в северной части Брянской области являлись выходцами из военных. О командирах двух партизанских полков, с которыми немцам пришлось столкнуться весной 1942 года, Орлове и Калуге (уже упомянутых выше), немецкие донесения отзывались как о весьма способных офицерах Красной армии. Согласно немецким донесениям, подчиненные им командиры были «офицерами, имеющими боевой опыт и многочисленные награды». Принадлежность Калуги к военным подтверждает один из захваченных у партизан документов, в котором командир 330-й пехотной дивизии Красной армии приказывает отдельным партизанским отрядам выполнять приказы «старшего лейтенанта Калуги» для обеспечения более четкой координации своих действий с операциями Красной армии. Этот документ датирован февралем 1942 года, то есть он появился за пять месяцев до упомянутого выше немецкого донесения; вполне вероятно, что за этот период, отмеченный яростными стычками партизан с немцами, Калуга был повышен в звании и стал майором.
