Центральный Комитет партии и Советское правительство направляли В. Р. Менжинского на самые ответственные посты. Вячеслав Рудольфович стал одним из первых советских дипломатов. После Брестского мира он был назначен Генеральным консулом РСФСР в Берлине.
В ноябре 1918 года, в связи с аннулированием Брестского договора, Вячеслав Рудольфович отзывается из Германии и избирается народным комиссаром рабоче-крестьянской инспекции на Украине. Вскоре его назначают одним из руководителей ВЧК. С тех пор до конца жизни ои находился на постоянно действующем фронте борьбы с контрреволюцией.
Отличительными чертами Менжинского как чекиста были прозорливость и умение учитывать конкретную политическую обстановку.
В связи с победами на фронтах гражданской войны у отдельных работников особых отделов ВЧК стали проявляться настроения благодушия и беспечности. В условиях, когда началась подозрительная возня империалистов на наших западных границах, подобные настроения могли иметь гибельные последствия. В. Р. Менжинский обратил внимание особых отделов на необходимость усилить бдительность и розыскную деятельность по выявлению контрреволюционных и шпионских организаций, особенно связанных с белопольской разведкой.
Предостережения Менжинского оказались своевременными. 25 апреля 1920 года панская Польша двинула свои войска против Советской России. Вслед за ней начала наступление врангелевская армия, окопавшаяся в Крыму.
В тылу и на фронтах Красной Армии пришли в движение законспирированная до поры до времени белопольская и белогвардейская агентура. 8 мая диверсанты подожгли военные склады в Хорошеве под Москвой. Взлетели на воздух и некоторые другие оборонные объекты.
Все это потребовало от чекистских органов быстрых и решительных ударов по врагу. В связи с отъездом Ф. Э. Дзержинского на польский фронт В. Р. Менжинский был назначен начальником Особого отдела ВЧК.
Менжинский работает дни и ночи, распутывая сложные нити шпионажа и диверсий, по отдельным фактам и показаниям добираясь до центров вражеских организаций.
Напряженная работа, недоедание, невероятное напряжение физических и моральных сил отразились на здоровье В. Р. Менжинского. Летом 1921 года он тяжело заболел, но вопреки запретам врачей продолжал работать.
В. И. Ленин, узнав об этом, позвонил в ВЧК и просил Вячеслава Рудольфовича взять отпуск и строго выполнять советы врачей.
Владимир Ильич хорошо знал страстную революционную натуру Менжинского, которого от работы могли удержать не врачи и не телефонные звонки старших товарищей, а партийная дисциплина. Так появилась записка В. И. Ленина в Секретариат ЦК РКП (б):
