Персидское подданство в середине IV века больно ударило по христианам Мерва, как и по всем последователям Спасителя в пределах Сасанидской державы. Сасанидская Персия часто конфликтовала с Римской империей, а затем и с её наследницей - Византией из-за территорий и сфер влияния. Пока императорский Рим гнал христиан, их радушно принимали в Персии. Но вот Византия сделалась христианской державой - и персидские политиканы начали смотреть даже на своих отечественных последователей Христа как на "византийских шпионов". Страсти разжигали языческие фанатики-зороастрийцы вкупе с персидскими националистами. По их наущению шахиншах Шапур II начал истребление христиан. Гонения продолжались около сорока лет, с особым изуверством и ожесточением вспыхивая ежегодно при наступлении Пасхальных дней. Число жертв насчитывалось тысячами и десятками тысяч; в одном персидском городе Визаде было убито 9000 человек. Во время этих же гонений пострадало и множество подвластных Персии туркменских христиан, среди них святой мученик Иоанн Мервский, бывший во всей Церкви Центральной Азии особо чтимым святым: память его праздновалась 14 июля.
Антихристианские гонения, воздвигнутые Сасанидами, не принесли пользы их державе. Персидские фанатики и "охотники за шпионами" получили удар с совершенно неожиданной стороны. Отношения Персии с Византией нормализовались: войны вредили международной торговле, это было невыгодно обеим сторонам. Но в то же время восстала находившаяся под персидской властью христианская Армения, возмущенная произволом языческих палачей. В этой борьбе армяне нашли себе мощных соратников: христианскую державу Эфталитов, унаследовавшую от Кушанской империи власть в Центральной Азии. Древнеармянский историк Егише свидетельствует: "Эфталиты и армяне не замедлили вступить в договор по обрядам их законов, приняли на себя клятву христиан, - с твердостью хранить единство". Христиане Великой Степи ополчились на Сасанидский Иран, карая за пролитую гонителями кровь своих братьев по вере. Они разбили войска шахиншаха Пероза, пленили его, обложили Персию данью и оставили у себя в заложниках шахского сына; затем и сам Пероз погиб в бою с тюркской конницей. Спасла Персидскую державу только помощь той самой Византии, в которой Сасаниды так долго видели врага.
Эфталиты ("белые хунну") сменили в управлении Центральной Азией забывших свой государственный долг Кушанов. Индийские симпатии Кушанской династии, особенно же перенос столицы империи в Индию, постепенно ослабили нити державного управления и сделали Кушанов чужими для их центральноазиатских подданных. В конце IV века власть Кушанов окончательно пала и снова началось дробление на мелкие княжества и отдельные орды, возгорелись междоусобицы, а персидские войска доходили уже до Шаша (Ташкента). Порядок восстановил тюркский народ эфталитов, потомков воинственных тюрков-хунну.
