Ближайшим образом Никону была подчинена его обширнейшая патриаршая епархия. И здесь являлся он самым полновластным владыкою и резко отличался от всех других епархиальных владык. Другие архиереи, митрополиты, архиепископы, епископы, со всем своим духовенством, с монастырями и крестьянами по гражданским, или урядным, делам подлежали Монастырскому приказу; один патриарх со всеми служащими при нем людьми, со всеми своими монастырями и крестьянами был изъят, по самому Уложению, во всяких делах из ведомства Монастырского приказа. И Никон в своей епархии ведал и судил все духовенство, белое и монашествующее, и всех церковных людей и крестьян не только в делах духовных, но и во всяких делах управных на основании известной грамоты, данной еще патриарху Филарету сыном его, царем Михаилом. Несмотря, однако ж, на все это, Никон испросил еще себе в 1657 г. у царя Алексея Михайловича подтверждение как этой грамоты, данной Филарету, так и другой подобной, данной царем Борисом патриарху Иову. Для управления такою обширною епархиею при Никоне, как при Филарете Никитиче и его преемниках, существовали на патриаршем дворе разные приказы «Под патриаршими покоями, – говорит Павел Алеппский, – находятся семь присутственных комнат, или зал, в которых заседают семь судей и при них многие чиновники. В каждой присутственной комнате рассматриваются известного разряда дела. В одной – разбираются дела, касающиеся монахов и монастырей, и все обвинения против них. В другой – дела белого духовенства: сюда являются все желающие получить свящ. сан и представляют свидетельства о себе от местных прихожан. Есть также присутственная комната и для разбора дел о наследствах... О каждом деле, которое происходит в этих присутственных местах, судьи ежедневно докладывают патриарху и спрашивают, какое ему угодно положить решение... При каждой присутственной зале имеется темница со множеством железных цепей и больших деревянных колодок. Если кто из монастырских властей или из старшего клира совершит какое преступление, то виновного приговаривают к кандалам и осуждают на известный срок сеять муку в монастырской пекарне – мы сами видели их в таком положении. Патриарха окружает множество сановников, состоящих на службе. Некоторым из них он вверяет управление целыми областями (вероятно, где находились его крестьяне и вотчины); другие суть депутаты, казначеи, секретари по разным делам. Иные состоят надзирателями над его казначейством, другие – над подвалами, третьи – над кладовыми, четвертые заведуют приходами, пятые – расходами» и пр. В других местах Павел Алеппский рассказывает о строгостях Никона к подведомому духовенству: «Патриаршие стрельцы постоянно обходят город и, как только встретят священника или монаха нетрезвого, немедленно берут его в тюрьму и подвергают всякому поношению – мы сами видели патриаршие тюрьмы, наполненные этими несчастными, которые находились в самом плачевном положении, обремененные тяжелыми цепями и колодами на шее и ногах... От того отступился Бог, на того изливается гнев его, кто в чем-либо провинился пред патриархом, кто замечен им или в пьянстве, или в нерадивом исполнении пастырских обязанностей, – такой немедленно присуждается к ссылке. В прежнее время монастыри сибирские были почти пусты. Никон же успел наполнить их монастырскими властями, священнослужителями и преступными монахами. Если кто-либо из священников оказывается в чем-либо виновным, Никон тотчас снимает с головы его скуфью, что почти равняется запрещению в священнослужении...» Посетили патриарх Макарий и сын его, архидиакон, Свято-Троицкую Сергиеву лавру, и там «мы сами видели, – свидетельствует последний, – только что выстроенную деревянную келью без окон и без всякого отверстия, кроме дверей, и в ней троих заключенных. На вопрос об них нам сказали, что это бывшие дьяконы, которые, овдовев, оставили места своего служения и поженились в другой раз. Но едва только узнал об этом патриарх, как приказал заковать их, отослать в Сергиев монастырь и здесь посадить в названную келью и не давать им пищи, пока не умрут с голода. Когда мы проходили мимо их, они плакали и издавали такие жалобные вопли, что у нас сердца надрывались. Несчастные подали нашему господину просьбу походатайствовать за них, чтобы им дозволено было поступить в монахи, надеясь хоть этим спастись от горькой смерти. Наш владыка принял в них участие, и по его ходатайству они были освобождены».
