Новое значение и силу королевы Елены вскоре увидели все православные, когда по ее указанию и ходатайству избран был для них и утвержден королем Александром новый митрополит Иона II. И этот выбор тем более был им дорог и приятен, что оказался впоследствии весьма благотворным для Церкви. По сознанию самих униатских писателей, Иона был человек благочестивый, хота и простой, и до того был привержен к своей вере, что с его времени Русь снова поворотила к схизме, схизма вновь подняла свою голову и утвердилась в странах великого княжества Литовского и польских; за ним как пастырем-схизматиком открыто последовали его духовные овцы, и не только низший класс народа, но и шляхта и вельможи, поколебавшиеся было прежде. На митрополию он избран, по словам тех же писателей, из архимандритов минского Вознесенского монастыря, которому покровительствовала Елена, а родом был будто бы из Москвы, где и напитался такою упорною привязанностью к схизме. До поступления в монашество не был ли Иона священником и духовником Елены после попа Фомы, прибывшего с нею, о котором потом (в 1497 г.) она отзывалась своему отцу: «Поп Фома не по мне», присовокупляя: «А есть со мною другой поп из Вильны, и он добре добр»? И не потому ли Елена благодетельствовала минскому монастырю, что там настоятельствовал ее бывший духовник; не потому ли и ходатайствовала об избрании его в митрополита, что близко знала его и уважала? Как бы то ни было, несомненно одно, что до своего монашества Иона был женат и имел детей. Время избрания его на митрополию с точностию неизвестно, но в марте 1502 г. он был еще настоятелем минского Вознесенского монастыря, а в октябре 1503 г. уже назывался «освященным епископом, нареченным митрополитом Киевским и всея Руси» и совершил освящение великой церкви Супрасльского монастыря во имя Благовещения и двух ее приделов: одного во имя святых мучеников Бориса и Глеба, а другого во имя преподобных Антония и Феодосия Печерских. Благословение же и поставление на митрополию Иона получил, по всей вероятности, от Цареградского патриарха Пахомия, который в 1504 г. первосвятительствовал несколько месяцев.
Дав русским такого достойного архипастыря по желанию своей супруги, Александр не переставал оказывать им и другие знаки своего внимания. В 1503 г. (июля 16) он подтвердил уставную грамоту жителям Витебска, в которой, между прочим, обещал не вступаться в их православные церкви и церковные домы и ни в чем не нарушать прав русской веры, даже если бы ее содержали некоторые из литовцев или поляков, крестившиеся прежде. В том же году пожаловал Полоцкому владыке Луке в один день (26 декабря) две грамоты: одною возвратил ему села и земли, которые за четыре года прежде отнял у него и передал соборным клирошанам; а другою подтвердил ему ту самую грамоту о правах церковных, по Свитку Ярославову, и даже в тех же выражениях, которую дал прежде (1499) русскому духовенству. В 1504 г., марта 15, по просьбе Холмского владыки подтвердил ему грамоту короля Владислава 1443 г., марта 22, которою ограждались все прежние права русского духовенства, судебные и имущественные, и оно приравнивалось по правам духовенству римскому. При осаде города Смоленска московским войском и во время произведенных им опустошений в окрестных местах (около половины 1502 г.) нареченный владыка Смоленский Иосиф (Солтан) показал королю Александру верную службу против неприятеля и сам потерпел немалый убыток, так как неприятель многие его волости церковные забрал, а другие совсем разорил. За это король пожаловал (15 сентября 1504 г.) Иосифу в Бельском уезде три небольшие имения: Топилец, Батюты и Пыщево в полную и вечную собственность. В следующем году по просьбе того же владыки Иосифа вместе с князьями, боярами и всеми жителями земли Смоленской Александр подтвердил (1 марта) жалованную им грамоту о неприкосновенности их православной веры и других прав и вольностей и дал обещание: «Напервей нам христианства греческого закону не рушити, налоги на их веру не чинити, а в церковные земли и в воды не вступатися, також в монастыри». Через год пожаловал (3 марта) Киево-Николаевскому Пустынскому монастырю грамоту на владение купленною землею и угодьями. Неизвестно, в каком именно году Туровский и Пинский владыка Вассиан жаловался королю Александру, что пинские князья Иван и Федор Иванович Ярославичи без ведома и благословения его, владыки, закладают и строят по городам и волостям церкви, определяют к тем церквам попов, судят их и совсем освобождают их от послушания владыке. Александр признал жалобу справедливою и присудил, чтобы все церкви, построенные Ярославичами без воли и благословения владыки, отданы были в его ведение вместе с священниками и чтобы впредь во всей «парафии» Туровской и Пинской светские люди, князья, бояре и другие без воли и благословения владыки церквей и монастырей не закладывали и не строили, священников к ним не определяли и ни в какие духовные справы не вступались под опасением штрафа в три тысячи коп литовских на государя. Но с другой стороны, Александр не переставал делать и такие распоряжения, которые не могли служить на пользу православной Церкви: он отдал (12 сентября 1504 г.) Пересопницкий монастырь со всеми его селами, землями и угодьями во владение княгине Марии Чарторыйской, а через полгода – сыну ее, князю Федору Чарторыйскому, и его потомкам.
