Со временем признания христианства государственной религией Римской империи, к церковным наказаниям добавились гражданские. В 316 году Константин Великий издал эдикт, присуждавший донатистов к конфискации имущества. Угроза смертной казнью впервые была применена императором Феодосием Великим по отношению к манихеям. и в 385 году уже казнили присциллиан. К V веку против еретиков действовали пятнадцать законов императора Феодосия, двенадцать – Аркадия, восемнадцать – Гонория и десять законов Феодосия II. У еретиков отнимали имущество, отбирали права наследства, запрещали торговать и заключать договоры. Им грозили огромными штрафами, наказанием плетью, ссылкой на пустынные острова, а в особо тяжких случаях смертной казнью по усмотрению местных властей. Еретиков увещевали и подвергали церковному покаянию.
Борьбу с ересями, сектами, расколами обосновал один из отцов церкви блаженный Августин. Не все способны воспринимать слова убеждения, поэтому иногда необходимо прибегать к воздействию страхом и наказанием. Родители наказывают своих детей, и сама любовь часто действует строгостью. Удары друзей полезнее, чем льстивые поцелуи врагов. Принуждение – спасительное лекарство. Не прибегать к нему означает воздавать злом за зло. Если мы видим врага, бегущего к пропасти в припадке безумия, не следует ли удержать его силой, чем допустить его гибель? Нетерпимость – это акт человеколюбия, спасение погибающего. Августин предлагал при необходимости меры строгости и наказания.
В начале VIII века в капитуляриях императора Карла Великого встречаются предписания, обязывающие епископов следить за нравами и правильным исповедованием веры в их епархиях, искоренять языческие традиции. В 884 году его сын Карл Лысый предписал епископам утверждать народ в вере с помощью проповедей, расследовать и исправлять его заблуждения. К еретикам все чаще и чаще вместо средств увещевания применялись насильственные меры. Наиболее строгими мерами стали конфискации имущества и сожжение на костре.
Крестовые походы против неверных на Востоке, в защиту Гроба Господня укрепляли в европейских умах понятие о богоугодности преследований врагов религии и наэлектризовали народ. Повсюду быстро возникали монастыри с суровыми уставами, распространялись слухи о скором наступлении Страшного суда. Мысль о спасении витала в восторженных умах, мысль о подвигах во славу религии, для исцеления души и тела.
В 1163 году на Турсксом церковном соборе впервые было произнесено слово «инквизиция». В 1185 году на Веронском соборе были изданы точные правила преследования еретиков, обязывающие епископов возможно чаще ревизовать свои епархии и выбирать зажиточных мирян, которые бы оказывали им содействие в розыске еретиков и предании их епископскому суду. Под страхом отлучения и других наказаний светским властям предписывалось оказывать поддержку епископам.
