О молодом Лойоле писали, что он вспыльчивый, гневливый, дерзкий, пылкий, честолюбивый, нарядно одетый, щепетильный в вопросах чести и очень эмоционален. Его первый биограф писал, что он был «весело серьезен, и серьезно весел». Он ценил поэзию и романы, любил и восхищался природой, музыкой. Лойола был радостен, печален, уверен, контрастен. Десятилетиями он совершенствовал себя, работал над собой. Он преобразил свою душу, стал очень уравновешенным человеком. Игнатий Лойола всегда прекрасно разбирался в людях, как реалист применялся к времени и обстоятельствам. Его организаторские особенности вызывали восхищение всех. Он выдвигал и угадывал великие идеи и принимал их как руководство к действию. Даже недруги сквозь зубы называли его гением.
За пятнадцать лет руководства Обществом Иисуса Игнатий Лойола написал более десяти тысяч документов, дневников, упражнений, трактатов, стихов, рассказов, руководств, уставов, размышлений, правил, писем, указаний, инструкций. Игнатий Лойола сделал все, что хотел и понял, что сил у него больше не осталось. Тяжелая и трудная молодость, многочисленные неприятности и труды, колоссальная многолетняя работа подорвали его испанское здоровье. В начале 1556 года Игнатий Лойола из Рима переехал на дачу в его окрестностях, подаренную ордену почитателем Луисом Мендосой. Большую часть дел он передал отцу Надалю, избранному профессами викарием генерала.
В июле 1556 года отец Игнатий почувствовал конец жизни. Он приказал перевезти себя в Рим, в орден, желая умереть среди своих соратников. Генерал продиктовал своему секретарю Джованни Поланко духовное завещание и простился с соратниками, среди которых были Лайнес, Сальмерон, Родригес и Бобадилья, участники Монмартрской клятвы 1537 года. Фабер и Ксавье умерли раньше. Основатель Общества Иисуса Игнатий Лойола умер в пятницу 31 июля 1556 года на рассвете, на шестьдесят пятом году жизни.
За несколько лет до смерти Игнатий Лойола говорил, что когда он умрет, его тело нужно бросить на живодерню или на добычу хищным зверям и птицам: «такая отвратительная куча земли и навоза большего не стоит». Его, конечно, не послушались. Первый генерал ордена иезуитов был торжественно погребен в субботу 1 августа в иезуитской церкви Мария де Страда в Риме. В этом храме гроб Игнатия Лойолы находился до 1587 года, когда 19 ноября по приказу пятого генерала ордена Клавдия Аквавивы был с большой торжественностью перенесен в новую иезуитскую церковь Иль-Джезу.
