При отсутствии генерала в Риме его замещал назначаемый им генеральный викарий. Он же руководил орденом в случае смерти генерала, созывал генеральную конгрегацию для новых выборов. Избранный генерал не имел права отказаться от должности.
Очень важную роль в ордене играл адмонитор, личный духовник генерала, дававший специальный обет папе наблюдать за руководителем ордена и предостерегать его от ошибок.
Вместе с генералом управление орденом осуществляли четыре или пять его помощников, ассистенты, называвшиеся совет ордена. Ассистенты заведовали ассистенциями – сферами влияния и деятельности ордена. Первыми помощниками генерала Лойолы стали Иаков Лайнес, Иероним Надаль, Иоанн да Поланко, Гонсалес да Камара и Кристобаль де Мадрид, которым подчинялись ассистенции:
Итальянская, с провинциями Рим, Сицилия, Неаполь, Милан, Венеция;
Португальская, с провинциями Португалия, Гоа, Малабар, Япония с Сиамом, Тонкиной и Кохинхиной, Китай, Бразилия и Мараньон;
Испанская, с провинциями Толедо, Кастилия, Арагония, Бетия, Сардиния, Перу, Чили, Терра-Фарма, Мексика, Филиппины, Парагвай и Квито;
Французская, с провинциями Иль де Франс, Аквитания, Лион, Тулуза и Шампань;
Германская, с провинциями Англия, Верхняя Германия, Нижний Рейн, Верхний Рейн, Австрия, Богемия, Голландия, Фландрия, Польша и Литва.
Генерал имел право отстранить ассистентов от должности, но сам сместить их не мог. Ассистенты могли созвать общую конгрегацию – собрание ордена, и теоретически низлагать генерала, в случае общего желания ассистенций и провинций. Адмонитора – духовника и ассистентов генерала назначала генеральная конгрегация сразу же после выборов нового главы ордена. Генерал мог единолично изменить устав, и изменить статус совета ордена, сделав своих ассистентов просто исполнителями своей воли, но подобных случаев в истории Общества не было.
Территории и земли, где действовал орден иезуитов, делились на провинции, во главе которых находились провинциалы, назначаемые генералом на три года. Они отвечали за исполнение распоряжений и приказов генерала. Провинциалы имели назначенных генералом адмониторов и трех помощников – ассистентов, составлявших совет провинции. Раз в три года созывалась провинциальная конгрегация. Она обсуждала местные проблемы, решала важнейшие дела, выбирала делегатов на генеральную конгрегацию, высказывала свое мнение о потребностях провинции, о действиях совета ордена. Провинциалы руководили иезуитскими учреждениями на своей территории. Они имели полную власть над членами ордена в своей провинции. Ежемесячно провинциалы посылали генералу доклады о текущих и наиболее важных событиях. Они ежегодно готовили и направляли в Рим отчет о состоянии своей провинции. Вся переписка велась особым шифром, составляющимся самим генералом ордена, который прекрасно знал, как четко и эффективно работают его провинциалы.
