Крепость Маргат располагалась к югу от Антиохии, в тридцати пяти километрах от моря, и была построена из скального базальта с двойными стенами и большими башнями. Внутри крепости находилось большое подземное водохранилище, а запасы крепости позволяли тысячному гарнизону выдержать пятилетнюю осаду.
Паломники из Европы обеспечивались лечением, жильем и едой, судами и охраной для путешествия к Святым местам, иоанниты хоронили умерших и помогали освобождать крестоносцев из плена. Одной из главных задач иоаннитов была также оборона государств крестоносцев, образованных на Востоке.
В 1120 году римский папа Каллист II утвердил «правила ордена иоаннитов», составленные первым магистром ордена Раймондом де Пюи. В герб, печать и знамя ордена было включено изображение белого восьмиконечного креста на красном поле, символизировавшие целомудрие членов ордена и восемь добродетелей, ожидавших праведников в раю. На знамени – штандарте ордена, утвержденном в 1130 году римским папой Иннокентием II, был вышит белый восьмиконечный крест на красном фоне. На орденской печати был изображен лежащий больной с крестом в изголовье и со свечой в ногах. Черная суконная одежда иоаннитов была сделана по примеру одежды Иоанна Крестителя, сделанной из верблюжьей шерсти, узкие рукава которой символизировали отречение от светской жизни, а полотняный белый восьмиконечный крест на груди символизировал их целомудрие. Четыре направления креста говорили о главных христианских добродетелях – благоразумии, справедливости, силе духа и воздержании, а восемь концов означали восемь благ, которые были обещаны Христом всем праведникам в раю в Нагорной проповеди. «Правила Ордена святого Иоанна Иерусалимского» через тысячелетие дошли до нашего времени:
«Каждый брат за веру Христианскую да стоит твердо; да придерживается всегда справедливости; обиженным да помогает; угнетенных да защищает и освобождает; язычников, неверных да гонит по примеру Маккавеев, которые гнали врагов народа Божия; да прилежит всем христианским добродетелям; да печется о вдовах и сиротах.
Нарушители сего правила да подвергаются временному и вечному наказанию».
Военно-духовный орден иоаннитов был полностью независимым от какой-либо власти и поэтому стал называться державным и обладал светскими правами, мог обмениваться послами и заключать договоры с другими государствами.
Члены ордена были разделены на три группы: рыцарей, братьев священников и служащих. Рыцарем мог стать только потомственный дворянин. Не принимали в орден тех людей, которые занимались торговлей или банкирскими делами. Во время обряда принятия в орден новые члены давали присягу на верность великому магистру, обеты целомудрия, личной бедности, повиновения, милосердия и благочестивых деяний. «Рыцари по справедливости» (cavalieri di giustizia) должны были иметь от 8 до 16 поколений предков благородной крови. Только они занимали все орденские должности. «Рыцарями из милости» (cavalieri di grazzia) были лица, принятые в рыцари в виде исключения за военные подвиги без доказательства своего дворянского происхождения или происходившие от отцов – дворян и матерей-горожанок. Позднее в ордене появились так называемые рыцари благочестия (chevaliers de dewotion), которые не принимали монашеских обетов.
