В 1584 году Обществом Иисуса была образована особая комиссия, которая в течение года составила программу преподавания – «Ratio atquo Institutio Societatis Jesu». Курс учения в иезуитских школах был разделен на две части – средний курс, который проходили в коллегиях («низшие классы»), и на университетский курс (философия и богословие).
Первыми были три грамматических класса. В первом преподавались основные правила латинского синтаксиса на основе самых легких писем Цицерона. Ученики изучали чтение и письмо, начала греческого языка и катехизиса. Во втором грамматическом классе изучалась вся латинская грамматика на основе работ Цицерона и Овидия. В третьем грамматическом классе изучение латинской и греческой грамматики заканчивалось – на основе трудов Цицерона, Овидия, Катулла, Проперция, Вергилия, Эзопа, Иоанна Златоуста.
Во втором филологическом классе на основе Цицерона, Саллюстия, Тита Ливия, Квинта Курция, Вергилия, Горация, Исократа, Платона, Плутарха изучались иностранные языки и правила риторики, греческий синтаксис, чтение и письмо.
В третьем риторическом классе по Цицерону, Аристотелю, Демосфену, Платону, Фукидиду, Гомеру преподавали красноречие, ораторское искусство, поэзию, историю, законы риторики, христианскую религию.
В высших философских и богословских классах, рассчитанных на семь лет, изучали философию, логику, физику, метафизику, географию, Святое писание, богословие, казуистику, греческий, халдейский, сирийский, арабский, индийский языки. Все лекции читались на латинском языке.
Педагогический и административный персонал иезуитской высшей школы состоял из провинциала. Ректора. Префектов низших и высших курсов, профессоров факультетов, учителей и их помощников, или классных руководителей.
Профессора были обязаны обращаться одинаково со всеми учениками – бедными и богатыми.
Переход из класса в класс осуществлялся с помощью экзаменов. Ученики были разделены на три категории – приходящие на лекции ученики, дети богатых и аристократов, за умеренную плату жили в пансионах, схоластики, готовившиеся к вступлению в Орден, жили в коллегиях.
Учеба продолжалась 190 дней в году. В каникулы воспитанники отдыхали на дачах Ордена, где занимались фехтованием, верховой ездой, музыкой, плаванием, катанием в санях и на коньках, игрой на биллиарде. Игра в карты и кости была строго запрещена, все коллегии и пансионы находились в красивых местах, в них соблюдалась безукоризненная чистота. Еда, как правило, была очень изысканна.
