Эти культуры удобряли человеческими экскрементами и мочой из выгребных ям, которые непосредственно располагались под отверстиями в полу, служившими туалетами. Транспортировка этого удобрения в городах была широкомасштабной операцией с использованием лодок, доставляющих его туда, где оно было необходимо. В сельской местности его не требовалось перевозить на далекие расстояния, а можно было переносить в деревянных ведрах на коромысле. Дороги, проходящие через деревни, были оснащены похожими на скворечники будками, используемыми в качестве туалетов для прохожих, удобно расположенными, чтобы ничего не пропадало зря. Прежде чем удобрять этим растения, содержимое выгребных ям обычно разбавляли водой, а затем выливали под корни культивируемых растений или деревьев. Носам не полагалось быть слишком чувствительными. Более серьезным недостатком использования человеческих экскрементов было распространение некоторых болезней, в частности глистов. Продукты жизнедеятельности человека в основном не использовали для удобрения риса, который нуждался в сухих подкормках, вводимых, когда готовили поля под посадку, которые растворяла или суспензировала подаваемая вода.
Среди других культур были сливы (обычно маленькие, больше похожие на терн и употребляемые в пищу в маринованном виде), хурма (фрукт вяжущий, пока не созреет полностью и не начнет отливать золотом под осенним солнцем, – тогда, высушенный на солнце, он становится очень сладким), персики (сферической формы и хрустящие) и апельсины (небольшие, похожие на мандарины микан). Обычно в хозяйствах их употребляли в пищу, но в некоторых местах, таких как провинция Кии, специализировавшаяся на апельсинах, и Косю, где выращивали виноград, землю специально оставляли для разведения этих культур в промышленном масштабе для продажи.
Чай выращивался как отдельными кустами вокруг земельного надела, так и компактно – в специализирующихся на выращивании чая местах, таких как уезд Удзи к югу от Киото.
Определенные овощные культуры, такие как гигантская редька и корни лотоса, выращивались частично на продажу. В лесах собирали грибы, дикорастущие фрукты и травы, а молодые побеги папоротника-орляка считались деликатесом.
Некоторые регионы специализировались на промышленном выращивании некоторых культур. Например, северо-западная оконечность острова Сикоку, провинция Ава, производила индиго для краски; рассаду выращивали на специальных грядках, а затем пересаживали; собирали сразу перед цветением. Его мелко нарезали и высушивали на солнце, затем полученный продукт оставляли для брожения в небольшом количестве воды. Затем его для продажи размалывали и формовали в шары размером с бильярдные.
