Для католиков, составлявших большую часть населения, НХГ являлось терпимым и даже вызывавшим восхищение государством. Примерно для 2 миллионов православных христиан, 80 тысяч евреев и 30 тысяч цыган НХГ стало настоящей бойней.
Усташи, подобно красным кхмерам в Кампучии в 1970-е годы, вознамерились истребить по меньшей мере одну треть населения.
Весной и летом 1941 года усташи начали свою кровавую работу, осуществляя набеги на сербские деревни, на месте убивая их обитателей. В местах со смешанным населением сербов окружали и выгоняли в лес, где забивали до смерти или сбрасывали с обрыва в пропасть. Но по мере того, как распространялись известия о резне, охваченные ужасом сербы убегали, стараясь не попасть в руки к усташам. В горном краю Южной Хорватии и Западной Боснии-Герцеговины усташи часто встречали вооруженное сопротивление отрядов четников или коммунистов.
Осенью 1941 года усташи перешли от метода «этнических чисток» сербов, евреев и цыган к отправке их в лагеря смерти – такие, как Ясеновац, получивший название «югославского Аушвица» (Освенцима).
Правительство НХГ летом 1941 года построило лагеря для временного содержания арестованных сербов и евреев, ожидавших отправки в Белград. Когда итальянцы вошли в НХГ, усташи предпочли умертвить своих пленников, нежели отдать их в «дружественные» руки. На острове Паг итальянцы обнаружили тела четырех с половиной тысяч убитых сербов и двух с половиной тысяч евреев, в том числе женщин и детей.
В сентябре 1941 года министр внутренних дел НХГ Артукович организовал систему концлагерей в германской сфере влияния, руководителем которой был назначен Евген-Дидо Кватерник, сын хорватского фельдмаршала. Усташский фанатик Макс Любурич, который, еще находясь в изгнании, планировал создание лагерей смерти, получил разрешение на строительство такого лагеря в Ясеноваце на северном берегу Савы, в болотах, образовавшихся в месте ее слияния с рекой Уной. Это зловещее место стало главным в архипелаге лагерей, протянувшемся от Сисока, специализировавшегося на умерщвлении детей, до Нова Градски, где в основном убивали женщин. В последнем верховодили сестра Макса, Нада Танич-Любурич, и ее хорошенькая коллега Майя Сломич-Буздон – обе законченные садистки.
Ясеновацкий комплекс соединялся с железнодорожными линиями, откуда в грузовиках привозили сербских и еврейских беженцев, тела которых затем плыли по всей Саве в сторону Белграда.
Хотя усташи пробовали использовать удушающий газ для уничтожения евреев в специальных поездах, к использованию современных технологий в Ясеноваце и других лагерях они относились с презрением. Они обычно умерщвляли своих жертв ножами, топорами и дубинками, сжигали в печах или закапывали живыми. Одна группа усташей позировала для фотографии, занимаясь при этом страшным делом – отпиливала голову молодому сербу. В главном лагере Ясеноваца регулярно содержалось от 3 до 6 тысяч узников в период с осени 1941 года по весну 1945 года. Немногим удавалось прожить более трех месяцев – после этого времени, в соответствии с лагерными правилами, их убивали.
