Премьер Хрущев 12 мая 1962 г. принял важное решение о размещении на Кубе стратегических вооружений под прикрытием обширной программы помощи. Первая советская делегация старших военных экспертов во главе с Шарафом Рашидовым вылетела в Гавану 28 мая для консультаций с кубинским руководством. Кубинцы немедленно приняли грандиозный план. 13 июня в ГШ ВМФ на улице Грибоедова поступила директива советского Генерального штаба № 79604, ставшая основой для планирования операций «Анадырь» и «Кама».
С самого начала некоторые старшие морские офицеры испытывали определенное сомнение в отношении операции, которая, как они считали, несла в себе зачатки своего последующего провала. Тотальная надежда на секретность, покрывавшую переброску стратегических вооружений на Кубу, была основой полного успеха в том случае, если предположить, что американцы не раскроют план и не смогут противодействовать ему, пока он не станет свершившимся фактом. Если Советы не смогут скрытно установить ракеты и быстро подготовить бомбардировщики к полетам, вся операция может вызвать дипломатический кризис на самом высоком уровне, оставив СССР с не полностью реализованной мощной угрозой — нечто вроде того, как в начале поединка один из дуэлянтов находит, что его пистолет только частично вытащен из кобуры.
Секретность, покрывавшая всю операцию, была настолько всеобъемлющей, что Генеральный штаб, для придания еще большей убедительности самому названию операции «Анадырь», приказал включить арктическое снаряжение — лыжи, меховые полушубки и валенки — в экипировку военнослужащих четырех мотострелковых полков, намеченных к отправке на Кубу, Таким способом планировалось сбить с толку младших командиров, которые увидят, что о зимнем имуществе не только говорится в документах, но оно действительно складировано на пирсах, готовое к погрузке, и решат, что им на самом деле придется действовать в тех местах, где гораздо холоднее, чем в Карибском море.
Последующий срыв покрова секретности заставил советских лидеров лгать напропалую в ООН и всему миру в целом о своих намерениях. Что касается этой операции, то были и другие отступления от обычного советского поведения. К примеру, начальник Генерального штаба генерал Захаров настаивал на том, что все участники кубинской операции за три месяца до убытия на Кубу должны получить особую оплату — требование необычное, которое, хоть и пользовалось популярностью, заставило пытливые головы задуматься, а у болтунов развязало язык, Как следовало действовать, чтобы выполнить такой масштабный план и сохранить всю операцию в полном секрете — должно быть, это было серьезной задачей даже для той политической системы, которая была известна отсутствием свободного потока информации и своим пристрастием к интригам и подавлению правды. Адмирал Рыбалко мало знал об этих подготовительных мероприятиях, у него были собственные впечатления об операции.
