Его помощником назначили окольничьего Клешнина, сторонника Федора Иоанновича и Бориса Годунова, но имевшего жену из рода Нагих. Можно сказать, что в комиссии были представлены все заинтересованные стороны. Уже одно это заставляет относиться к ее выводам с доверием, хотя материалы следствия и вызывают у историков некоторые сомнения.
Судя по показаниям очевидцев происшествия, произошла трагическая случайность. Но Нагие всячески старались доказать, что были конкретные убийцы: Данила Битяговский (сын дьяка), его племянник Никита Качалов и некоторые другие. Нагим надо было хоть как-то оправдать убийство государева дьяка и его родных.
Однако выяснилось, что никто из Нагих не был свидетелем смерти Дмитрия. Их обвинения основывались лишь на подозрениях. Шуйский основательно допросил четверых мальчиков, игравших с Дмитрием, и они все подтвердили, что царевич играл «в тычку ножиком с ними на заднем дворе, и пришла на него болезнь – падучей недуг – и набросился на нож». То же подтвердила и кормилица Дмитрия, которая горько сокрушалась, что не уберегла мальчика «и он ножом покололся».
Единственным объективным показанием в пользу убийства царевича было то, что его смерть была на руку Борису Годунову. К этому времени он стал по существу преемником царя Федора. Годунову был присвоен своеобразный и необычный титул: «Зять великого государя, управитель, слуга и конюший, боярин и дворцовый воевода, содержатель царств Казанского и Астраханского».
У рода Нагих был свой козырь в борьбе за власть: царевич Дмитрий, законный династический претендент на трон. Физическая слабость царя Федора и отсутствие у него с Ириной Годуновой, царицей, сестрой Бориса Годунова, детей, увеличивали шансы Нагих на приход к власти. Они обращались к разным ворожеям и предсказательницам, чтобы выяснить, когда следует ожидать смерти царя Федора и воцарения Дмитрия. На этот случай, во избежание происков врагов, они, так по крайней мере считал историк Г.В. Вернадский, начали организовывать заговор. По его мнению, слух о злодейском убийстве царевича распространил Михаил Нагой, решивший сгоряча, что настала пора действовать.
Угличские бунтовщики имели свои счеты с дьякомБитяговским который был сборщиком налогов. Его дом и дома некоторых других государственных чиновников были разграблены.
Вскоре, 24 мая, в разных частях Москвы вспыхнули пожары. Пронесся слух, будто это – кара Божья за убийство царевича Дмитрия. Однако удалось задержать поджигателей, которые признались, что за пожары и слухи им заплатили люди Афанасия Нагого и что такие же преступления планируются в некоторых других городах.
