В 1977 году Колобова вызывают в Москву на утверждение в должности главного дирижёра Свердловского театра. И когда высокое начальство выражает недоумение по поводу его молодости для такого ответственного поста, Колобов, которому исполнился всего 31 год, ответил: «Тосканини в 31 год стал уже главным дирижёром Ла Скала». Аргумент оказался убедительным, и отец был утверждён.
В Свердловске им были созданы прекрасные спектакли: «Травиата» и «Сила судьбы» Дж. Верди, «Пётр I» и «Сотворение мира» А. Петрова, «Царская невеста» Н. Римского-Корсакова. После гастролей театра в Москве, где впервые в советские годы Колобов представил слушателям оперу «Сила судьбы» на итальянском языке (это в 1979 году!), о молодом дирижёре заговорили в столичных кругах, и эпитет «неистовый маэстро» стал сопровождать его по жизни. Сам маэстро Юрий Темирканов приглашает его на работу в Мариинский театр. «Поначалу я скромно помогал ему в работе над «Евгением Онегиным» и просто был потрясён тем, что он делал с музыкой… В общении с Темиркановым нашёл я подтверждение своим интуитивным выводам: следовать собственному восприятию произведения, не бояться экспериментировать, доверять своим чувствам». В филармонии Колобов впервые исполнил неизвестную оперу Беллини «Пират» с участием выдающихся певцов Мариинского театра: Евгении Целовальник, Константина Плужникова и Сергея Лейферкуса. Вновь поставил «Силу судьбы» с Любовью Казарновской в главной партии. Позже Темирканов, уходя из театра в симфонический оркестр Петербургской филармонии, назовёт Колобова своим преемником. Но тот откажется от поста главного дирижёра Мариинки, сказав: «Это не мой театр».
Видимо, как любой художник-экспериментатор, Колобов стремился если не к созданию своего театра, то хотя бы к работе в коллективе единомышленников. В 1988 г. отца назначают на пост худрука и главного дирижёра Московского музыкального театра им. Станиславского и Немировича-Данченко. Колобов чувствует: здесь он сможет наконец делать то, о чём так давно мечтал. Он ставит «Пирата» В. Беллини и «Бориса Годунова» М. Мусоргского в подлинной редакции автора и взрывает Москву новаторскими постановками. Он требует от коллектива работы «на износ», но это стоит того: оркестр и хор, до этого не славившиеся особыми заслугами, заиграли по-новому, страстно, эмоционально. Но часть солистов не приняла реформаторский подход Колобова к творчеству, и в театре возник конфликт. О сложившейся ситуации писала пресса, знали в Министерстве культуры, но выхода найти не удавалось. Это был тупик: Колобов хотел уволиться, но его единомышленники-музыканты не отпускали, умоляли не оставлять их. И тогда состоялась знаменитая встреча Колобова и его оппонентов с Лужковым, в ходе которой Юрий Михайлович – несомненно, прекрасный психолог – понял, что объединить расколовшийся коллектив невозможно. Тогда он сказал Колобову: «Даю вам несколько дней на подготовку необходимой документации. Для вас и ваших музыкантов в Москве будет создан ещё один театр – «Новая опера».
