По мнению современного историка Р. г. Пихоя, «из редакционных помет Сталина на проекте обвинительного заключения очевидно, что он ЛИЧНО руководил следствием и определял степень виновности… Суть редакционных помет Сталина сводилась к стремлению выделить и особенно подчеркнуть роль Абакумова как человека, приложившего усилия для того, чтобы спрятать от следствия связи врага народа Кузнецова с иностранной разведкой.
В обвинительном заключении «дело о врачах-вредителях» объединялось с делом о террористах из числа сотрудников МГБ и заливалось густым антисемитским соусом. В нем сообщалось, что Власик — начальник личной охраны Сталина — видел письмо врача-кардиолога Тимашук, несогласной с официальным диагнозом А.А. Жданова, датированное 29 августа 1948 г.; 30 или 31 августа он передал это письмо Абакумову. Отсюда следовало заключение: «Абакумов. и Власик отдали Тимашук на расправу… иностранным шпионам террористам Егорову, Виноградову, Василенко, Майорову». На полях Сталин дописал: «Он (Жданов. — Авт.) не просто умер, а был убит Абакумовым»… Абакумов также обвинялся в попытках организации убийства Маленкова. Таким образом, его напрямую связали с показаниями Шварцмана о якобы готовившимся им покушении на Маленкова».[42]
Упорство и мужество Абакумова, на протяжении полутора лет пыточного следствия так и не давшего требуемых показаний, и смерть Сталина спасли от высшей меры обвиняемых по делу о «сионистском заговоре» в МГБ (по которому были арестованы и русские по национальности сотрудники МГБ, в том числе заместители министра генерал-лейтенанты Н.Н. Селивановский и Н.А. Королев, начальник 1-го управления генерал-майор г. В. Утехин), кроме самого бывшего министра и полковника Шварцмана, расстрелянных уже по другим обвинениям в новую «оттепельную» эпоху.
К началу 1953 г. из МГБ было уволено подавляющее большинство сотрудников-евреев, особенно из центрального аппарата. Некоторые руководители дали волю своему антисемитизму (ранее тщательно скрывавшемуся), как, например, автор доноса на Абакумова М.Д. Рюмин, получивший за свое произведение повышение: из скромного следователя Следственной части он стал ее начальником и заместителем министра. В местных органах чистка тоже шла, но некоторым провинциальным (и работавшим за границей) чекистам-евреям удалось избежать увольнения. Например, полковник В.З. Портной был до марта 1953 г. заместителем начальника УМГБ Курской области, полковник И.А. Зитеров — начальником 4-го (розыскного) отдела МГБ Эстонии (позднее, во 2-й половине 50-х — заместитель начальника 2-го, контрразведывательного отдела КГБ ЭССР), генерал-лейтенант М.И. Сладкевич — начальником внутренних войск МГБ в Германии и т. д.
