После геноцида Бараягвиза покинул Руанду. 28 марта 1996 года власти Камеруна арестовали его по ордеру выписанному правительством Руанды. Через три дня первый прокурор трибунала по Руанде, Ричард Голдстоун, составил письмо, в котором говорилось о заинтересованности трибунала в рассмотрении дела Бараягвизы. В это время апелляционный суд Камеруна отклонил просьбу руандийского правительства об экстрадиции и освободил Бараягвизу. Вновь он был арестован в феврале 1997 года. В тюрьму трибунала по Руанде в Аруше его перевели 19 ноября 1997 года. Первое слушание его дела прошло 23 февраля 1998 года. Адвокаты Бараягвизы сразу же выступили с требованием о его освобождении на основании того, что ему же пришлось провести длительное время в заключении в Камеруне и в тюрьме трибунала до первого слушания. (Во многих государствах первое слушание должно быть проведено через 24 или 48 часов после задержания.) Судебная палата отвергла эти аргументы, но Бараягвиза подал апелляцию. 3 ноября 1999 года апелляционная палата трибунала под председательством американского судьи Гэбриела Керка Макдональда рассмотрела аргументы Бараягвизы о том, сколько времени он провел в заключении в Камеруне, и о трех месяцах, прошедших с момента его перевода в Арушу и первым слушанием дела. Макдональд и другие судьи отклонили обвинения против Бараягвизы «без сохранения права на предъявление иска по тому же основанию», а это означало, что впредь его невозможно задержать, даже если против него будут выдвинуты аналогичные обвинения.
Это решение вызвало ярость руандийцев. На улицы Кигали вышли демонстранты. Правительство, находившееся под контролем ветеранов РПФ и выживших жертв геноцида, тутси по происхождению, прекратило сотрудничество с трибуналом. Я тоже была встревожена тем, что Бараягвизе удалось избежать правосудия лишь на основании процедурных вопросов. Но гораздо больше меня беспокоило то, что из-за фиаско с Бараягвизой руандийское правительство откажется сотрудничать с трибуналом и помогать ему в работе. Это могло нанести огромный ущерб делу международного правосудия в целом. Всю субботу я изучала материалы дела и принятое по апелляции решение. Как можно задержать Бараягвизу? Как помешать ему вернуться в Камерун? Как преодолеть злополучную формулировку «без сохранения права на предъявление иска по тому же основанию» и продолжить суд здесь, в Аруше? Мои советники считали, что мы совершенно бессильны. Я не соглашалась. Инстинкт подсказывал мне, что это решение не может быть выполнено просто потому, что оно абсолютно несправедливо. Я приказала своим сотрудникам выдвинуть встречную апелляцию. Мы потребовали пересмотра решения апелляционной палаты еще до освобождения Бараягвизы из тюрьмы трибунала.
