К 1990 году в изгнании проживало около 1 млн руандийских тутси. Военные, в том числе Поль Кагаме, организовали повстанческую армию, Руандийский патриотический фронт (РПФ). Целью этого движения было свержение президента Жювеналя Хабьяримана, происходившего из народности хуту, и обеспечение возвращения изгнанников тутси на родину. Повстанцы патриотического фронта наводнили территорию Руанды и смешались с местными тутси для ведения партизанской войны. Пропаганда РПФ сравнивала партизан с inyenzi, так в Руанде называют тараканов. Партизаны могли наводнить всю страну так же, как тараканы наводняют дома. Сторонники Хабьяримана убили сотни гражданских тутси в отместку за действия РПФ, и эти события стали предвестниками ужасов 1994 года. Разумеется, никто из убийц и их политических хозяев не был осужден, но через несколько месяцев взрыв гражданского неповиновения вынудил Хабьяриману поделиться монополией на политическую власть.
За народную поддержку с президентом и его сторонниками стали соперничать новые партии и группы хуту. Во время политической борьбы Хабьяримана и другие лидеры хуту активно использовали националистические страхи. Они преувеличивали угрозу со стороны РПФ, чтобы привлечь хуту на свою сторону. Сторонники Хабьяриманы и другие радикально настроенные хуту постоянно использовали трагические истории из времен господства тутси. Они твердили о том, что тутси снова хотят поработить хуту. Партии хуту вербовали молодежь в милицию и обучали их сражаться против партизан. К началу 1992 года партия Хабьяриманы основала милицию Interabamve, что означает «стоящие вместе». Столкновения между правительственными войсками и партизанами РПФ становились все более ожесточенными. Члены Interahamve и других вооруженных группировок сотнями убивали гражданских тутси.
Убийства беззащитных женщин и детей тутси никоим образом не способствовали повышению боевого мастерства руандийской армии и милиции хуту. Успехи РПФ вынудили Хабьяриману пойти на переговоры по разделению власти. Экстремисты хуту начали действия по блокированию мирных переговоров и лишению РПФ поддержки в Руанде, то есть по уничтожению населения тутси. Экстремисты считали, что кампания геноцида сплотит разобщенное сообщество хуту под их руководством и будет способствовать уничтожению РПФ. К началу 1993 года один из полковников руандийской армии, Теонесте Багосора, создал программу геноцида и полного истребления тутси. Впоследствии ему было предъявлено обвинение в геноциде 1994 года.
