Ничего не подозревавшие тогда рабочие потом дорого заплатят за всю эту «гимнастику ума». «Вихри враждебные», из песни, сочиненной Кржижановским унесут многих в дали ГУЛАГА. «Суслик» (так по словам однокружковца М. А. Сильвина звали за глаза Кржижановского) насвистел еще немало подобных песен: «Беснуйтесь, тираны», «Красное знамя», «Слезами залит мир безбрежный». Он же был автором многих прокламаций.
В 1895-м «Союз» был разгромлен полицией. Отличника питерской «техноложки» власти два года продержали в тюрьме в столице. Затем Бутырка, пересыльная тюрьма Красноярска и на поселение — в село Тесь Минусинского уезда. Оттуда Кржижановскому в 1901 г. удалось уехать в Мюнхен. Сотрудничал с Лениным в «Искре». Вернувшись в Россию, создал корреспондентскую сеть «Искры» в Киеве и в родной Самаре.
Не удовлетворяясь агитацией он, используя свои технические знания, мастерит бомбы. В 1905-м руководит забастовочным комитетом — парализует работу Юго-Западных железных дорог. Опасаясь ареста, «Суслик» бежит в Питер и зарывается в нору, но бомбы делать не перестает.
В 1907 г., когда А. П. Столыпин повел успешную борьбу с терроризмом, Кржижановский ушел в мирную инженерную работу. С 1910 заведовал в Москве кабельной электросетью. Участвовал в проектировании и строительстве первой в России электростанции на торфе. Однако февральские события 1917 вновь открыли дорогу революции, и Кржижановский стал членом большевицкой фракции Моссовета.
Придя к власти, большевики использовали его опыт электрика. С 1919 г. Кржижановский — председатель Главэлектро ВСНХ. В 1920 он по заданию Ленина написал работу «Основные задачи электрификации России» и был назначен председателем Государственной комиссии по электрификации России (ГОЭЛРО). Согласно советской мифологии, план ГОЭЛРО — чуть ли не первый луч света в темной, отсталой России. Между тем отечественная электротехническая школа до революции считалась одной из лучших в мире; с 1900 по 1913 год состоялось семь Всероссийских электротехнических съездов. На них рассматривались как технические, так и стратегические вопросы начинавшейся тогда электрификации Империи. Но никогда ни в царской России, ни в других странах мира электрификация не проводилась так, как это сделали большевики: ценой затопления десятков древних городов и тысяч сел, потери плодороднейших земель, выселения десятков тысяч людей.
Кржижановский был первым председателем Госплана (1921–1930), отстаивал идею «пятилеток» развития народного хозяйства. Реализация этих проектов повлекла за собой товарный дефицит и катастрофическое понижение уровня жизни населения. Будучи в 1929–1939 гг. вице-президентом Академии Наук, лично руководил ее чисткой от «буржуазных специалистов» и работой «по приближению деятельности АН к запросам социалистического хозяйства». Отстраненный от серьезной руководящей работы, Кржижановский тихо посиживал в Верховном совете, руководил Энергетическим институтом Академии Наук собственного имени. Жил с царских еще времен на тихой Садовнической набережной, занимая целый этаж, писал там воспоминания о вожде-приятеле, которые агитпроп потом переводил на языки восточных народов и рассылал по аулам: «Это могучее и теплое ильичевское крыло, которое было распростерто над нами, вот это и было наше самое дорогое счастье».
