Антикоммунистическая революция была подавлена главным образом посредством введения на территорию Венгрии советских войск.
Чтобы выманить Имре Надя из югославского посольства, где тот скрывался после подавления революции, Андропов дал ему честное слово, что выпустит его из страны. Но на границе с Румынией советские агенты его арестовали и через полтора года он был повешен в Будапеште в числе тех 229 человек, кого казнили официально по обвинению в мятеже. Всего же в Венгерской революции погибло около трех тысяч венгров и почти тысяча советских солдат; 30 тыс. венгров были осуждены к тюремному заключению, 130 тыс. бежали за границу. Во всех этих смертях и разбитых судьбах немалая доля вины Андропова.
После возвращения из Венгрии Андропов стал завотделом ЦК по связям с социалистическими странами, а в 1967 г. занял пост председателя КГБ. На этом посту Андропов продолжил начатую до него «чистку» КГБ от питомцев Берии, но увольняя их, находил им «теплые» места в разных НИИ и министерствах. Эти старые чекисты продолжали сотрудничать с КГБ, получая в качестве агентурного вознаграждения разницу между прежним и новым окладом. Умение сохранять старое в новой оболочке характерно для всей деятельности Андропова. Например, когда в 1971 г. к англичанам перешел капитан Лялин, сотрудник управления, занимавшегося организацией терактов и убийств, Андропов объявил о ликвидации этого управления, но на деле лишь преобразовал его в отдел и запретил офицерам КГБ самим участвовать в «акциях». Для совершения заграничных терактов КГБ стал использовать немцев, болгар или арабов. Не брезговал Андропов и организацией терактов внутри страны. Есть версия, что гибель в результате несчастных случаев нескольких высокопоставленных представителей советской номенклатуры (например, первого секретаря ЦК КП Белоруссии Петра Машерова в 1980 г.), а также нескольких диссидентов (например, Богатырева), была организована подчиненными Андропова по его приказу.
Главным своим делом на посту председателя КГБ Андропов считал борьбу с инакомыслием. На время его правления этим ведомством приходятся жестокая борьба с правозащитным движением, введение танков в Прагу, противодействие еврейской эмиграции. Многих диссидентов в те годы отправили в психиатрические больницы под тем предлогом, что нормальный человек не может быть противником советской власти. Принудительное «лечение» психотропными препаратами превращало и здоровых людей в физически и душевно больных. По инициативе Андропова были изгнаны за границу А. И. Солженицын, А. А. Галич и другие писатели, деятели культуры, правозащитники. В 1980 г. был отправлен в ссылку в г. Горький академик А. Д. Сахаров. К 1980-м годам страна превратилась в интеллектуальную пустыню: почти все известные инакомыслящие были либо высланы, либо посажены.
