После октябрьского переворота Щорс вернулся на Украину. В 1918 г. по заданию большевиков создал у себя на родине, в Сновске, вооруженную группу из рабочих-железнодорожников и объединил ее с другим красным соединением в отряд под названием «Объединенного советского Семеновского партизанского отряда Новозыбковского уезда». В его подразделениях широко практиковались расстрелы бойцов, совершивших даже незначительные проступки. В мае-июле 1918 г. Щорс по заданию большевицкого ЦК организует красные партизанские отряды в Самарской и Симбирской губерниях, неудачно борется против войск Народной армии и чехословаков. В июле 1918 г., по приглашению знаменитой террористки-эсерки Марии Спиридоновой он присутствовал на заседаниях 5-го Всероссийского съезда советов в Москве. В конце июля 1918 г. обращается в центральный Военно-революционный комитет с просьбой задействовать его для создания новых партизанских отрядов. Но тогда применения ему не нашлось, и он подал документы для поступления на медицинский факультет Московского университета.
Однако в сентябре 1918 г. Щорс все-таки получил желанное назначение. Он возглавил 1-й Украинский советский полк им. Богуна сформированный им на Брянщине из нескольких партизанских отрядов. С конца ноября 1918 г. он командовал бригадой в 1-й Украинской советской дивизии, воевавшей против сил Украинской Директории. В декабре 1918 г. занял Черниговщину, затем Фастов и Киев. В феврале 1919 г. он военный комендант Киева.
С марта 1919 г. Щорс — командир 1-й Украинской советской дивизии. Захватил у петлюровцев Винницу, Житомир, Жмеринку, разбил их главные силы в районе Сарны-Ровно-Броды-Проскуров. Затем, летом 1919 г. оборонялся от них и польских войск на линии Сарны-Новоград-Волынский-Шепетовка, отошел под их напором на восток. С августа 1919 г. — командир 44-й стрелковой дивизии. Подчиненные Щорса жестоко издевались над пленными (особенно офицерами) и творили насилия над мирным населением занятых ими районов, в том числе над евреями на Украине.
Погиб Щорс в бою с поляками. По одной из версий, он был убит самими коммунистами в рамках негласной кампании по устранению популярных командиров, лояльность которых вызывала сомнения.
Улицы имени Щорса есть в Москве (Солнцево), Саратове, Нижнем Тагиле, Екатеринбурге и многих других городах. Имя этого красного партизана носит город (б. Сновск) в Черниговской области и поселок (б. Божедаровка) в Днепропетровской области на Украине.
