В 1916 г. он опять попал в руки правосудия. Суд квалифицировал его деятельность как обыкновенный бандитизм, лишенный каких-либо политических мотивов. Знаменитый разбойник был приговорён к смертной казни, замененной пожизненной каторгой. Февральская революция стала для таких людей бесценным подарком. Весной 1917 Котовский был условно освобожден. Прихватив кандалы, он понесся в одесский оперный театр, где и продал их с аукциона. Затем несостоявшийся смертник был направлен в действующую армию, на Румынский фронт. В ноябре 1917 он был ближе к анархистам или к левым эсерам, чем к большевикам, но охотно пошел на службу к новой власти. Созданный им красный отряд по существу не отличался от его прежних банд. Те же грабежи и разбои, только теперь уже под знаменем мировой революции. «Мы не красноармейцы (коммунисты, большевики, ленинцы), мы — котовцы!» — твердили бандиты, обожавшие своего вожака. Правда, в отличие от буденновцев, грабивших каждый для себя, котовцы получали награбленное через «общак», часть которого шла на показную помощь «сирым и убогим». Советские историки выдавали эту уголовную традицию за помощь «освободителей» трудовому народу.
Котовского бросали то на Украину — против генерала А. И. Деникина, то под Петроград — против генерала Н. Н. Юденича. Одно время он входил в группу Якира. В 1920 «братва» Котовского под названием Отдельной кавбригады была направлена и в Польшу. Но французский генерал Вейган зажал беспорядочно бегущих котовцев в клещи близ Каменца. По трупам горстка телохранителей вынесла контуженного атамана из окружения. В 1921 Котовского направили на подавление крестьянских волнений. Разбойник становится видным специалистом по борьбе с повстанцами. Его конники сотнями рубили тех, кого он якобы «защищал от царизма» в родной Бессарабии. Особенно кровавый след кавалерийская бригада Котовского оставила при разгроме Тамбовского крестьянского восстания.
К 1922 г. Котовский стал командующим корпусом; членом Реввоенсовета и трех ЦИКов — Союзного, Украинского и Молдавского; владельцем экспроприированного у «классовых врагов» дворца, который ломился от награбленного имущества. В зените славы его внезапно застрелил курьер штаба Майоров.
Молдаване избавились от памяти «батьки», и город недалеко от Кишенева, носивший имя Котовск, теперь называется Хынчешты. Русские же и украинцы терпят Котовского и по сей день — в Тамбовской и Одесской (бившая Бирзула) областях города и сейчас носят название Котовск, а в Волгоградской области есть поселок имени Котовского — центр административного района. В Санкт-Петербурге есть улица Котовского.
