Когда в феврале 1918 началось немецкое наступление, Дыбенко во главе отряда матросов был отправлен под Нарву с задачей остановить его. Местность оборонялась войсками под руководством бывшего генерала Парского и большевицкого комиссара Бонч-Бруевича. Дыбенко подчиниться им отказался, заявив, что «братишки сами разберутся с немчурой». Однако немцы быстро разбили дыбенковское войско, которое оказалось способным лишь пьянствовать и куражиться над местным населением. По другим данным дыбенковское войско бежало даже не вступив в боевое соприкосновение с немцами. За этот позор Дыбенко был отстранен от поста наркома. Захватив два воинских эшелона и цистерну спирта, «братишки» бежали на Урал, круша по дороге привокзальные города. Только в мае Дыбенко был наконец пойман и предан революционному трибуналу за сдачу Нарвы немцам. Однако преданные собутыльники-балтийцы направили Ленину и Троцкому ультиматум: «Если в течение 48 часов Дыбенко не будет освобожден, мы откроем артиллерийский огонь по Кремлю и начнем репрессии против отдельных лиц». Вожди были вынуждены рекомендовать ревтрибуналу оправдать Дыбенко. Но из партии «героический матрос» был всё же исключён и восстановлен только в 1922 г.
В августе 1918 г. Дыбенко был арестован в Севастополе германскими властями и приговорен военно-полевым судом к смертной казни. Однако по настоянию жены Дыбенко, А. Коллонтай, советское правительство обменяло его на пленных германских офицеров. С ноября 1918 он был на командных должностях в Красной Армии. Командовал Сводной дивизией, созданной из провинившихся членов партии — воров и мародеров (за глаза ее именовали Сбродной), которая участвовала в подавлении Кронштадтского восстания в марте 1921 г. Дыбенко организовал массовую расправу над своими недавними товарищами по Балтфлоту.
В 1922 году Дыбенко командовал стрелковым корпусом в Одессе. Присмотрел в городе великолепный особняк, вышвырнул на улицу хозяев, обставил свежеконфискованной антикварной мебелью и принимал там гостей. Подвалы винного завода, охраняемые специальными порученцами Дыбенко, не уставали выплескивать для него дореволюционные запасы коллекционных вин. В отсутствие жены пьянки с непременным участием особ легкого поведения случались ежедневно и еженощно. Завершались катанием на командирском автомобиле и купанием нагишом при лунном свете. Дыбенко использовал уголовников для благоустройства города, в награду отпуская «социально близких» на все четыре стороны. «Половая революционерка» Коллонтай сопровождала мужа, возглавляя политотделы и женсоветы, и активно вмешиваясь в служебную деятельность супруга. Однако вскоре они расстались. Дыбенко хорошо усвоил коллонтаевские уроки «свободной любви» и часто менял любовниц.
