В конце 1901 г. Бабушкин был арестован, но летом 1902 г. бежал из екатеринославской тюрьмы и приехал к Ленину в Лондон. Ленин уговорил Бабушкина как «живую легенду партии» писать воспоминания (изданы в 1925 г.). В октябре 1902 г. Бабушкин вернулся в Петербург с новым заданием. В это время начальник Особого отдела Департамента полиции С. В. Зубатов создал легальные объединения рабочих, занятые улучшением экономического положения представителей своего социального слоя. Большевикам грозила потеря поддержки рабочих, и Петербургский комитет РСДРП стал внедрять в ряды «зубатовских» организаций своих агентов для дискредитации легального рабочего движения. Зубатов считал необходимым создание гражданского общества, основанного, по его словам, «на примирении, на уравновешивании борющихся сил». Ленин требовал обратного: «К черту всех примирителей… Лучше 2–3 энергичных и вполне преданных человека, чем десяток рохлей» (письмо от 16 января 1903 г.). Однако сорвать планы Зубатова удалось не Бабушкину, а его товарищам на Юге России: летом 1903 г. они втянули «зубатовцев» во всеобщую стачку. Зубатов был отстранен от дел.
В 1903 г. Бабушкин снова арестован и на пять лет сослан в Верхоянск (Восточная Сибирь). Освобожденный по амнистии в 1905 г., он стал членом Иркутского и Читинского комитетов РСДРП, сотрудничал в партийной газете «Забайкальский рабочий», и вместе с В. К. Курнатовским и А. А. Костюшко-Валюжаничем во время Русско-японской войны возглавил в Чите вооруженный мятеж. В результате была блокирована единственная железная дорога, соединявшая европейскую часть страны с Сибирью и действовавшей в Маньчжурии русской армией. Большевики привлекли на свою сторону солдат запасных полков, эшелоны с которыми двигались по железной дороге. Мародерство и бандитизм, процветавшие в 1905 г. в Читинской и других «красных республиках», привели к хаосу.
Навести порядок на магистрали был направлен генерал Меллер-Закомельский; он имел под своим началом 200 солдат Литовского полка и два артиллерийских орудия, но справился со своей задачей за три недели. В январе 1906 г. Бабушкин с несколькими товарищами вёз из Читы оружие для подготовки такого же мятежа в Иркутске. Он был захвачен с поличным и расстрелян на станции Мысовая Забайкальской железной дороги.
Имя революционера Бабушкина носит бывший город Мысовск в Бурятии, переулок в Борисоглебске, улицы в Петербурге, Владимире (бывшая Заводская), Чите, Краснодаре, Улан-Удэ. Их не следует путать с улицами, названными в честь однофамильца — известного в 1930-е гг. полярного летчика Михаила Сергеевича Бабушкина.
